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Graeme Winter
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#include "err.h"
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#include "file.h"
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#include <hdf5.h>
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#include <stdio.h>
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#include <stdlib.h>
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#include <hdf5.h>
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#include "file.h"
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#include "err.h"
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#define COPY_AND_MASK(in, out, size, mask) \
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{ \
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int i; \
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if (mask) { \
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for (i = 0; i < size; ++i) { \
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out[i] = in[i]; \
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if (mask[i] & 0xFE) out[i] = -2; \
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if (mask[i] & 0x01) out[i] = -1; \
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} \
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} else { \
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for (i = 0; i < size; i++) { \
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out[i] = in[i]; \
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} \
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} \
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}
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#define COPY_AND_MASK(in, out, size, mask) \
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{ \
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int i; \
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if (mask) { \
|
||||
for (i = 0; i < size; ++i) { \
|
||||
out[i] = in[i]; \
|
||||
if (mask[i] & 0xFE) \
|
||||
out[i] = -2; \
|
||||
if (mask[i] & 0x01) \
|
||||
out[i] = -1; \
|
||||
} \
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||||
} else { \
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||||
for (i = 0; i < size; i++) { \
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out[i] = in[i]; \
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} \
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} \
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}
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int parse_args(int argc, char **argv, char **file_name, int *frame_idx) {
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int retval = 0;
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if (argc == 2) {
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*frame_idx = 0;
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*file_name = argv[1];
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} else if (argc >= 2) {
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*file_name = argv[1];
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*frame_idx = atoi(argv[2]);
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} else {
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ERROR_JUMP(-1, done, "Require filename argument");
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}
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int retval = 0;
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if (argc == 2) {
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*frame_idx = 0;
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*file_name = argv[1];
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} else if (argc >= 2) {
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*file_name = argv[1];
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*frame_idx = atoi(argv[2]);
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} else {
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ERROR_JUMP(-1, done, "Require filename argument");
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}
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done:
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return retval;
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return retval;
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}
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int main(int argc, char **argv) {
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int err = 0;
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int retval = 0;
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char *test_file = "";
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struct ds_desc_t *desc;
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int dims[3] = {0};
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hid_t fid = 0;
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int frame_idx = 0;
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int *mask = NULL;
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int *data = NULL;
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void *buffer = NULL;
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int err = 0;
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int retval = 0;
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||||
char *test_file = "";
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||||
struct ds_desc_t *desc;
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||||
int dims[3] = {0};
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||||
hid_t fid = 0;
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||||
int frame_idx = 0;
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||||
int *mask = NULL;
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int *data = NULL;
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void *buffer = NULL;
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||||
init_error_handling();
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||||
if (init_h5_error_handling() < 0) {
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ERROR_JUMP(-1, done, "");
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}
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||||
init_error_handling();
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if (init_h5_error_handling() < 0) {
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ERROR_JUMP(-1, done, "");
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||||
}
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||||
if (parse_args(argc, argv, &test_file, &frame_idx) < 0) {
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||||
ERROR_JUMP(-1, done, "Failure parsing arguments");
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}
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||||
if (parse_args(argc, argv, &test_file, &frame_idx) < 0) {
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||||
ERROR_JUMP(-1, done, "Failure parsing arguments");
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}
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fid = H5Fopen(test_file, H5F_ACC_RDONLY, H5P_DEFAULT);
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if (fid < 0) ERROR_JUMP(-1, done, "Error opening file");
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fid = H5Fopen(test_file, H5F_ACC_RDONLY, H5P_DEFAULT);
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if (fid < 0)
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ERROR_JUMP(-1, done, "Error opening file");
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err = get_detector_info(fid, &desc);
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if (err < 0) {
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ERROR_JUMP(err, done, "");
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}
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dims[0] = desc->dims[0];
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dims[1] = desc->dims[1];
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dims[2] = desc->dims[2];
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err = get_detector_info(fid, &desc);
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if (err < 0) {
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ERROR_JUMP(err, done, "");
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}
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||||
dims[0] = desc->dims[0];
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dims[1] = desc->dims[1];
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||||
dims[2] = desc->dims[2];
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||||
printf("Dims: %d, %d, %d\n", dims[0], dims[1], dims[2]);
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printf("Dims: %d, %d, %d\n", dims[0], dims[1], dims[2]);
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||||
mask = malloc(dims[1] * dims[2] * sizeof(*mask));
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if (!mask) {
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ERROR_JUMP(err, done, "Failed to allocate space for pixel mask");
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}
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err = desc->get_pixel_mask(desc, mask);
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if (err < 0) {
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ERROR_JUMP(err, done, "");
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}
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||||
mask = malloc(dims[1] * dims[2] * sizeof(*mask));
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if (!mask) {
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ERROR_JUMP(err, done, "Failed to allocate space for pixel mask");
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}
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err = desc->get_pixel_mask(desc, mask);
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if (err < 0) {
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ERROR_JUMP(err, done, "");
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}
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data = malloc(dims[1] * dims[2] * sizeof(*data));
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if (sizeof(*data) != desc->data_width) {
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buffer = malloc(dims[1] * dims[2] * desc->data_width);
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} else {
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buffer = data;
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}
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data = malloc(dims[1] * dims[2] * sizeof(*data));
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if (sizeof(*data) != desc->data_width) {
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buffer = malloc(dims[1] * dims[2] * desc->data_width);
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} else {
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buffer = data;
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}
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err = desc->get_data_frame(desc, frame_idx, buffer);
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if (err < 0) {
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ERROR_JUMP(err, done, "");
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}
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err = desc->get_data_frame(desc, frame_idx, buffer);
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if (err < 0) {
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ERROR_JUMP(err, done, "");
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||||
}
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||||
if (buffer != data) {
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if (desc->data_width == sizeof(signed char)) {
|
||||
signed char *in = buffer;
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COPY_AND_MASK(in, data, dims[1] * dims[2], mask);
|
||||
} else if (desc->data_width == sizeof(short)) {
|
||||
short *in = buffer;
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COPY_AND_MASK(in, data, dims[1] * dims[2], mask);
|
||||
} else if (desc->data_width == sizeof(int)) {
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||||
int *in = buffer;
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||||
COPY_AND_MASK(in, data, dims[1] * dims[2], mask);
|
||||
} else if (desc->data_width == sizeof(long int)) {
|
||||
long int *in = buffer;
|
||||
COPY_AND_MASK(in, data, dims[1] * dims[2], mask);
|
||||
} else if (desc->data_width == sizeof(long long int)) {
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long long int *in = buffer;
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COPY_AND_MASK(in, data, dims[1] * dims[2], mask);
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}
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}
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if (buffer != data) {
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if (desc->data_width == sizeof(signed char)) {
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signed char *in = buffer;
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COPY_AND_MASK(in, data, dims[1] * dims[2], mask);
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} else if (desc->data_width == sizeof(short)) {
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short *in = buffer;
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COPY_AND_MASK(in, data, dims[1] * dims[2], mask);
|
||||
} else if (desc->data_width == sizeof(int)) {
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||||
int *in = buffer;
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COPY_AND_MASK(in, data, dims[1] * dims[2], mask);
|
||||
} else if (desc->data_width == sizeof(long int)) {
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||||
long int *in = buffer;
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COPY_AND_MASK(in, data, dims[1] * dims[2], mask);
|
||||
} else if (desc->data_width == sizeof(long long int)) {
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long long int *in = buffer;
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COPY_AND_MASK(in, data, dims[1] * dims[2], mask);
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}
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}
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||||
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{
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int i, j;
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||||
int max_i = 30;
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int max_j = 10;
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max_j = max_j < dims[1] ? max_j : dims[1];
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||||
max_i = max_i < dims[2] ? max_i : dims[2];
|
||||
for (j = 0; j < max_j; j++) {
|
||||
for (i = 0; i < max_i; i++) {
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printf("%3d ", data[i + j*dims[2]]);
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}
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printf("\n");
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}
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}
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{
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int i, j;
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||||
int max_i = 30;
|
||||
int max_j = 10;
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||||
max_j = max_j < dims[1] ? max_j : dims[1];
|
||||
max_i = max_i < dims[2] ? max_i : dims[2];
|
||||
for (j = 0; j < max_j; j++) {
|
||||
for (i = 0; i < max_i; i++) {
|
||||
printf("%3d ", data[i + j * dims[2]]);
|
||||
}
|
||||
printf("\n");
|
||||
}
|
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}
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done:
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if (fid > 0) H5Fclose(fid);
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if (data) free(data);
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if (buffer && (data != buffer)) free(buffer);
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if (mask) free(mask);
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if (retval != 0) dump_error_stack(stderr);
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return retval;
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if (fid > 0)
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H5Fclose(fid);
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if (data)
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free(data);
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if (buffer && (data != buffer))
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||||
free(buffer);
|
||||
if (mask)
|
||||
free(mask);
|
||||
if (retval != 0)
|
||||
dump_error_stack(stderr);
|
||||
return retval;
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}
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