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@@ -366,27 +366,16 @@ src/C++/H5Fed.cc -text
|
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src/C++/H5Fed.hh -text
|
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src/C++/Makefile.am -text
|
||||
src/C/H5.c -text
|
||||
src/C/H5.h -text
|
||||
src/C/H5Block.c -text
|
||||
src/C/H5Block.h -text
|
||||
src/C/H5Fed.c -text
|
||||
src/C/H5Fed.h -text
|
||||
src/C/H5Fed_adjacency.c -text
|
||||
src/C/H5Fed_adjacency.h -text
|
||||
src/C/H5Fed_inquiry.c -text
|
||||
src/C/H5Fed_inquiry.h -text
|
||||
src/C/H5Fed_map.c -text
|
||||
src/C/H5Fed_map.h -text
|
||||
src/C/H5Fed_retrieve.c -text
|
||||
src/C/H5Fed_retrieve.h -text
|
||||
src/C/H5Fed_store.c -text
|
||||
src/C/H5Fed_store.h -text
|
||||
src/C/H5Fed_tags.c -text
|
||||
src/C/H5Fed_tags.h -text
|
||||
src/C/H5Part.c -text
|
||||
src/C/H5Part.h -text
|
||||
src/C/H5_inquiry.c -text
|
||||
src/C/H5_inquiry.h -text
|
||||
src/C/Makefile.am -text
|
||||
src/Fortran/H5BlockF.c -text
|
||||
src/Fortran/H5BlockF90.inc -text
|
||||
|
||||
-108
@@ -1,108 +0,0 @@
|
||||
/*
|
||||
Copyright 2007-2008
|
||||
Paul Scherrer Institut, Villigen, Switzerland;
|
||||
Benedikt Oswald;
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Achim Gsell
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All rights reserved.
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Authors
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Achim Gsell
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Warning
|
||||
This code is under development.
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|
||||
*/
|
||||
|
||||
#ifndef __H5_H
|
||||
#define __H5_H
|
||||
|
||||
#include "H5_inquiry.h"
|
||||
|
||||
h5_file_t *
|
||||
H5OpenFile (
|
||||
const char * filename,
|
||||
const h5_int32_t oflag,
|
||||
const MPI_Comm comm
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5CloseFile (
|
||||
h5_file_t * f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5SetStepNameFormat (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
const h5_int64_t width
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5GetStepNameFormat (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
char *name,
|
||||
const h5_size_t l_name,
|
||||
h5_size_t *width
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5SetStep (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t step
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5GetStep (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5StartTraverseSteps (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_id_t
|
||||
H5TraverseSteps (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5EndTraverseSteps (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5SetVerbosityLevel (
|
||||
const h5_id_t level
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5SetErrorHandler (
|
||||
h5_errorhandler_t handler
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_errorhandler_t
|
||||
H5GetErrorHandler (
|
||||
void
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5ReportErrorhandler (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const char *fmt,
|
||||
va_list ap
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5AbortErrorhandler (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const char *fmt,
|
||||
va_list ap
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5GetErrno (
|
||||
h5_file_t * const f
|
||||
);
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
-204
@@ -1,204 +0,0 @@
|
||||
#ifndef __H5BLOCK_H
|
||||
#define __H5BLOCK_H
|
||||
|
||||
#ifdef __cplusplus
|
||||
extern "C" {
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
/*!
|
||||
Interface for block structured field data
|
||||
|
||||
*/
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5BlockDefine3DFieldLayout (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t i_start,
|
||||
const h5_int64_t i_end,
|
||||
const h5_int64_t j_start,
|
||||
const h5_int64_t j_end,
|
||||
const h5_int64_t k_start,
|
||||
const h5_int64_t k_end
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5Block3dGetPartitionOfProc (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t proc,
|
||||
h5_int64_t *i_start,
|
||||
h5_int64_t *i_end,
|
||||
h5_int64_t *j_start,
|
||||
h5_int64_t *j_end,
|
||||
h5_int64_t *k_start,
|
||||
h5_int64_t *k_end
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5Block3dGetReducedPartitionOfProc (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
h5_int64_t proc,
|
||||
h5_int64_t *i_start,
|
||||
h5_int64_t *i_end,
|
||||
h5_int64_t *j_start,
|
||||
h5_int64_t *j_end,
|
||||
h5_int64_t *k_start,
|
||||
h5_int64_t *k_end
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5Block3dGetProcOf (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
h5_int64_t i,
|
||||
h5_int64_t j,
|
||||
h5_int64_t k
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5Block3dWriteScalarField (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
const h5_float64_t *data
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5Block3dReadScalarField (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
h5_float64_t *data
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5BlockGetNumFields (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5BlockGetFieldInfo (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t idx,
|
||||
char *name,
|
||||
const h5_int64_t len_name,
|
||||
h5_int64_t *grid_rank,
|
||||
h5_int64_t *grid_dims,
|
||||
h5_int64_t *field_dims
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5BlockGetFieldInfoByName (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *field_name,
|
||||
h5_int64_t *grid_rank,
|
||||
h5_int64_t *grid_dims,
|
||||
h5_int64_t *field_dims
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5Block3dGetFieldOrigin (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *field_name,
|
||||
h5_float64_t *x_origin,
|
||||
h5_float64_t *y_origin,
|
||||
h5_float64_t *z_origin
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5Block3dSetFieldOrigin (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *field_name,
|
||||
const h5_float64_t x_origin,
|
||||
const h5_float64_t y_origin,
|
||||
const h5_float64_t z_origin
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5Block3dGetFieldSpacing (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *field_name,
|
||||
h5_float64_t *x_spacing,
|
||||
h5_float64_t *y_spacing,
|
||||
h5_float64_t *z_spacing
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5Block3dSetFieldSpacing (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *field_name,
|
||||
const h5_float64_t x_spacing,
|
||||
const h5_float64_t y_spacing,
|
||||
const h5_float64_t z_spacing
|
||||
);
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5Block3dWrite3dVectorField (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
const h5_float64_t *xval,
|
||||
const h5_float64_t *yval,
|
||||
const h5_float64_t *zval
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5Block3dRead3dVectorField (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
h5_float64_t *xval,
|
||||
h5_float64_t *yval,
|
||||
h5_float64_t *zval
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5BlockWriteFieldAttrib (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *field_name,
|
||||
const char *attrib_name,
|
||||
const h5_int64_t attrib_type,
|
||||
const void *attrib_value,
|
||||
const h5_int64_t attrib_nelem
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5BlockWriteFieldAttribString (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *field_name,
|
||||
const char *attrib_name,
|
||||
const char *attrib_value
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5BlockGetNumFieldAttribs (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *field_name
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5BlockGetFieldAttribInfo (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *field_name,
|
||||
const h5_int64_t attrib_idx,
|
||||
char *attrib_name,
|
||||
const h5_int64_t len_of_attrib_name,
|
||||
h5_int64_t *attrib_type,
|
||||
h5_int64_t *attrib_nelem
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5BlockReadFieldAttrib (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *field_name,
|
||||
const char *attrib_name,
|
||||
void *attrib_value
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5BlockHasFieldData (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
|
||||
#ifdef __cplusplus
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
@@ -1,70 +0,0 @@
|
||||
/*
|
||||
Header file for declaring the H5Fed application programming
|
||||
interface (API) in the C language.
|
||||
|
||||
Copyright 2006-2007
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Paul Scherrer Institut, Villigen, Switzerland;
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Benedikt Oswald;
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Achim Gsell
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All rights reserved.
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Authors
|
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Achim Gsell
|
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|
||||
Warning
|
||||
This code is under development.
|
||||
|
||||
*/
|
||||
|
||||
#ifndef __H5FED_H
|
||||
#define __H5FED_H
|
||||
|
||||
#include "H5.h"
|
||||
#include "H5Fed_adjacency.h"
|
||||
#include "H5Fed_inquiry.h"
|
||||
#include "H5Fed_map.h"
|
||||
#include "H5Fed_retrieve.h"
|
||||
#include "H5Fed_store.h"
|
||||
#include "H5Fed_tags.h"
|
||||
|
||||
/****** General routines *****************************************************/
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedOpenMesh (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t mesh_id,
|
||||
const h5_oid_t mesh_type_id
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedCloseMesh (
|
||||
h5_file_t * const f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedSetLevel (
|
||||
h5_file_t * f,
|
||||
const h5_id_t level_id
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedLinkMeshToStep (
|
||||
h5_file_t * f,
|
||||
const h5_id_t mesh_id
|
||||
);
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -1,94 +0,0 @@
|
||||
#ifndef __H5FED_ADJACENCY_H
|
||||
#define __H5FED_ADJACENCY_H
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetEdgesUpAdjacentToVertex (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_vid,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetTrianglesUpAdjacentToVertex (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_vid,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetTetsUpAdjacentToVertex (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_vid,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetTrianglesUpAdjacentToEdge (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_kid,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetTetsUpAdjacentToEdge (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_kid,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetTetsUpAdjacentToTriangle (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_did,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetVerticesDownAdjacentToEdge (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_kid,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetVerticesDownAdjacentToTriangle (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_did,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetVerticesDownAdjacentToTet (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_tid,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetEdgesDownAdjacentToTriangle (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_did,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetEdgesDownAdjacentToTet (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_tid,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedGetTrianglesDownAdjacentToTet (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_tid,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedReleaseListOfAdjacencies (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
h5_idlist_t **list
|
||||
);
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
@@ -1,30 +0,0 @@
|
||||
/*
|
||||
Header file for declaring the H5Fed application programming
|
||||
interface (API) in the C language.
|
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Warning
|
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This code is under development.
|
||||
|
||||
*/
|
||||
#ifndef __H5FED_INQUIRY_H
|
||||
#define __H5FED_INQUIRY_H
|
||||
|
||||
h5_size_t H5FedGetNumMeshes ( h5_file_t * const f, const h5_oid_t type_id );
|
||||
h5_size_t H5FedGetNumLevels ( h5_file_t * const f );
|
||||
h5_id_t H5FedGetLevel ( h5_file_t * const f );
|
||||
h5_size_t H5FedGetNumVertices ( h5_file_t * const f );
|
||||
h5_size_t H5FedGetNumVerticesCnode ( h5_file_t * const f, const h5_id_t cnode );
|
||||
h5_size_t H5FedGetNumVerticesTotal ( h5_file_t * const f );
|
||||
h5_size_t H5FedGetNumElements ( h5_file_t * const f );
|
||||
h5_size_t H5FedGetNumElementsCnode ( h5_file_t * const f, const h5_id_t cnode );
|
||||
h5_size_t H5FedGetNumElementsTotal ( h5_file_t * const f );
|
||||
#endif
|
||||
@@ -1,44 +0,0 @@
|
||||
/*
|
||||
Header file for declaring the H5Fed application programming
|
||||
interface (API) in the C language.
|
||||
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Copyright 2006-2007
|
||||
Paul Scherrer Institut, Villigen, Switzerland;
|
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Benedikt Oswald;
|
||||
Achim Gsell
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||||
All rights reserved.
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Authors
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||||
Achim Gsell
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||||
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Warning
|
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This code is under development.
|
||||
|
||||
*/
|
||||
|
||||
#ifndef __H5FED_MAP_H
|
||||
#define __H5FED_MAP_H
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedLMapEdgeID2VertexIDs (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
h5_id_t local_id,
|
||||
h5_id_t *localvids
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedLMapTriangleID2VertexIDs (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
h5_id_t local_id,
|
||||
h5_id_t *localvids
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedLMapTetID2VertexIDs (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
h5_id_t local_id,
|
||||
h5_id_t *localvids
|
||||
);
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
@@ -1,33 +0,0 @@
|
||||
/*
|
||||
Copyright 2007-2009
|
||||
Paul Scherrer Institut, Villigen, Switzerland;
|
||||
Benedikt Oswald;
|
||||
Achim Gsell
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Authors
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||||
Achim Gsell
|
||||
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||||
Warning
|
||||
This code is under development.
|
||||
|
||||
*/
|
||||
#ifndef __H5FED_RETRIEVE_H
|
||||
#define __H5FED_RETRIEVE_H
|
||||
|
||||
h5_err_t H5FedBeginTraverseVertices ( h5_file_t * const f );
|
||||
h5_id_t H5FedTraverseVertices ( h5_file_t * const f, h5_float64_t P[3] );
|
||||
h5_err_t H5FedEndTraverseVertices ( h5_file_t * const f );
|
||||
|
||||
h5_err_t H5FedBeginTraverseEdges ( h5_file_t * const f );
|
||||
h5_id_t H5FedTraverseEdges ( h5_file_t * const f, h5_id_t * const vids );
|
||||
h5_err_t H5FedEndTraverseEdges ( h5_file_t * const f );
|
||||
|
||||
h5_err_t H5FedBeginTraverseTriangles ( h5_file_t * const f );
|
||||
h5_id_t H5FedTraverseTriangles ( h5_file_t * const f, h5_id_t * const vids );
|
||||
h5_err_t H5FedEndTraverseTriangles ( h5_file_t * const f );
|
||||
|
||||
h5_err_t H5FedBeginTraverseElements ( h5_file_t * const f );
|
||||
h5_id_t H5FedTraverseElements ( h5_file_t * const f, h5_id_t * const vids );
|
||||
h5_err_t H5FedEndTraverseElements ( h5_file_t * const f );
|
||||
#endif
|
||||
@@ -1,93 +0,0 @@
|
||||
/*
|
||||
Header file for declaring the H5Fed application programming
|
||||
interface (API) in the C language.
|
||||
|
||||
Copyright 2006-2009
|
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Paul Scherrer Institut, Villigen, Switzerland;
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Benedikt Oswald;
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Achim Gsell
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||||
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Authors
|
||||
Achim Gsell
|
||||
|
||||
Warning
|
||||
This code is under development.
|
||||
|
||||
*/
|
||||
|
||||
#ifndef __H5FED_STORE_H
|
||||
#define __H5FED_STORE_H
|
||||
|
||||
h5_id_t
|
||||
H5FedAddMesh (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_oid_t mesh_type_id
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_id_t
|
||||
H5FedAddLevel (
|
||||
h5_file_t * const f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedBeginStoreVertices (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_size_t num
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_id_t
|
||||
H5FedStoreVertex (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t id,
|
||||
const h5_float64_t P[3]
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedEndStoreVertices (
|
||||
h5_file_t * const f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedBeginStoreElements (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_size_t num
|
||||
);
|
||||
|
||||
|
||||
h5_id_t
|
||||
H5FedStoreElement (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t local_vids[]
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedEndStoreElements (
|
||||
h5_file_t * const f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedBeginRefineElements (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_size_t num
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_id_t
|
||||
H5FedRefineElement (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t eid
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedEndRefineElements (
|
||||
h5_file_t * const f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5FedMarkRefineElement (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
const h5_id_t eid
|
||||
);
|
||||
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
@@ -1,40 +0,0 @@
|
||||
#ifndef __H5FED_TAGS_H
|
||||
#define __H5FED_TAGS_H
|
||||
h5_err_t H5FedAddMTagset ( h5_file_t * const f,
|
||||
char * name,
|
||||
h5_id_t type );
|
||||
h5_err_t H5FedRemoveMTagset ( h5_file_t *const f,
|
||||
char name[] );
|
||||
h5_size_t H5FedGetMTagsets ( h5_file_t *const f,
|
||||
char **names[] );
|
||||
h5_id_t H5FedGetTypeOfMTagset ( h5_file_t *const f,
|
||||
char name[] );
|
||||
h5_err_t H5FedSetMTag ( h5_file_t *const f,
|
||||
char name[], h5_id_t id,
|
||||
const size_t dims, void *val );
|
||||
h5_err_t H5FedSetMTagToVertex ( h5_file_t *const f,
|
||||
char name[], h5_id_t id,
|
||||
const size_t dims, void *val );
|
||||
h5_err_t H5FedSetMTagToEdge ( h5_file_t *const f,
|
||||
char name[], h5_id_t id,
|
||||
const size_t dims, void *val );
|
||||
h5_err_t H5FedSetMTagToTriangle ( h5_file_t *const f,
|
||||
char name[], h5_id_t id,
|
||||
const size_t dims, void *val );
|
||||
h5_err_t H5FedSetMTagToTet ( h5_file_t *const f,
|
||||
char name[], h5_id_t id,
|
||||
const size_t dims, void *val );
|
||||
|
||||
h5_err_t H5FedGetMTag ( h5_file_t *const f,
|
||||
const char name[], const h5_id_t id,
|
||||
size_t *dims, void *val );
|
||||
h5_err_t H5FedRemoveMTag ( h5_file_t *const f,
|
||||
const char name[], const h5_id_t id );
|
||||
|
||||
/*
|
||||
Get descriptor for a tagset
|
||||
Get tag value by descriptor
|
||||
get size of value
|
||||
Get tagset names for specific entity
|
||||
*/
|
||||
#endif
|
||||
-285
@@ -1,285 +0,0 @@
|
||||
/*
|
||||
Header file for declaring the H5Fed application programming
|
||||
interface (API) in the C language.
|
||||
|
||||
Copyright 2006-2007
|
||||
Paul Scherrer Institut, Villigen, Switzerland;
|
||||
Benedikt Oswald;
|
||||
Achim Gsell
|
||||
All rights reserved.
|
||||
|
||||
Authors
|
||||
Achim Gsell
|
||||
|
||||
Warning
|
||||
This code is under development.
|
||||
|
||||
*/
|
||||
#ifndef __H5Part_H
|
||||
#define __H5Part_H
|
||||
|
||||
#include <hdf5.h>
|
||||
|
||||
#ifdef __cplusplus
|
||||
extern "C" {
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
#include "h5_core/h5_core.h"
|
||||
#include "H5.h"
|
||||
#ifdef PARALLEL_IO
|
||||
#include <mpi.h>
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
// #define H5PART_SUCCESS H5_SUCCESS
|
||||
#define H5PART_ERR_NOMEM H5_ERR_NOMEM
|
||||
#define H5PART_ERR_INVAL H5_ERR_INVAL
|
||||
#define H5PART_ERR_BADFD H5_ERR_BADFD
|
||||
#define H5PART_ERR_LAYOUT H5_ERR_LAYOUT
|
||||
#define H5PART_ERR_NOENT H5_ERR_NOENT
|
||||
#define H5PART_ERR_NOENTRY H5_ERR_NOENTRY
|
||||
|
||||
#define H5PART_ERR_MPI H5_ERR_MPI
|
||||
#define H5PART_ERR_HDF5 H5_ERR_HDF5
|
||||
|
||||
#define H5PART_READ H5_O_RDONLY
|
||||
#define H5PART_WRITE H5_O_WRONLY
|
||||
#define H5PART_APPEND H5_O_APPEND
|
||||
|
||||
#define H5PART_INT64 ((h5_int64_t)H5T_NATIVE_INT64)
|
||||
#define H5PART_FLOAT64 ((h5_int64_t)H5T_NATIVE_DOUBLE)
|
||||
#define H5PART_CHAR ((h5_int64_t)H5T_NATIVE_CHAR)
|
||||
|
||||
/*========== File Opening/Closing ===============*/
|
||||
h5_file_t *
|
||||
H5PartOpenFile(
|
||||
const char *filename,
|
||||
const unsigned flags
|
||||
);
|
||||
|
||||
#define H5PartOpenFileSerial(x,y) H5PartOpenFile(x,y)
|
||||
|
||||
#ifdef PARALLEL_IO
|
||||
h5_file_t *
|
||||
H5PartOpenFileParallel (
|
||||
const char *filename,
|
||||
const unsigned flags,
|
||||
MPI_Comm communicator
|
||||
);
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartCloseFile (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
|
||||
/*============== File Writing Functions ==================== */
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartDefineStepName (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
const h5_int64_t width
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartSetNumParticles (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t nparticles
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartWriteDataFloat64 (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
const h5_float64_t *array
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartWriteDataInt64 (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
const h5_int64_t *array
|
||||
);
|
||||
|
||||
/*================== File Reading Routines =================*/
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartSetStep (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t step
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartGetNumDatasets (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartGetDatasetName (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t idx,
|
||||
char *name,
|
||||
const h5_int64_t maxlen
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartGetDatasetInfo (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t idx,
|
||||
char *name,
|
||||
const h5_int64_t maxlen,
|
||||
h5_int64_t *type,
|
||||
h5_int64_t *nelem);
|
||||
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartGetNumParticles (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartSetView (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t start,
|
||||
const h5_int64_t end
|
||||
);
|
||||
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartGetView (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
h5_int64_t *start,
|
||||
h5_int64_t *end
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartHasView (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartResetView (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartSetCanonicalView (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartReadDataFloat64(
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
h5_float64_t *array
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartReadDataInt64 (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
h5_int64_t *array
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartReadParticleStep (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t step,
|
||||
h5_float64_t *x, /* particle positions */
|
||||
h5_float64_t *y,
|
||||
h5_float64_t *z,
|
||||
h5_float64_t *px, /* particle momenta */
|
||||
h5_float64_t *py,
|
||||
h5_float64_t *pz,
|
||||
h5_int64_t *id /* and phase */
|
||||
);
|
||||
|
||||
/**********==============Attributes Interface============***************/
|
||||
/* currently there is file attributes: Attributes bound to the file
|
||||
and step attributes which are bound to the current step. You
|
||||
must set the step explicitly before writing the attributes (just
|
||||
as you must do when you write a new dataset. Currently there are no
|
||||
attributes that are bound to a particular data array, but this could
|
||||
easily be done if required.
|
||||
*/
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartWriteStepAttrib (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *attrib_name,
|
||||
const h5_int64_t attrib_type,
|
||||
const void *attrib_value,
|
||||
const h5_int64_t attrib_nelem
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartWriteFileAttrib (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *attrib_name,
|
||||
const h5_int64_t attrib_type,
|
||||
const void *attrib_value,
|
||||
const h5_int64_t attrib_nelem
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartWriteFileAttribString (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
const char *attrib
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartWriteStepAttribString (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
const char *attrib
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartGetNumStepAttribs ( /* for current filestep */
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartGetNumFileAttribs (
|
||||
h5_file_t *f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartGetStepAttribInfo (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t attrib_idx,
|
||||
char *attrib_name,
|
||||
const h5_int64_t len_of_attrib_name,
|
||||
h5_int64_t *attrib_type,
|
||||
h5_int64_t *attrib_nelem
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartGetFileAttribInfo (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const h5_int64_t idx,
|
||||
char *name,
|
||||
const h5_int64_t maxnamelen,
|
||||
h5_int64_t *type,
|
||||
h5_int64_t *nelem
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartReadStepAttrib (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
void *data
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_int64_t
|
||||
H5PartReadFileAttrib (
|
||||
h5_file_t *f,
|
||||
const char *name,
|
||||
void *data
|
||||
);
|
||||
|
||||
#ifdef __cplusplus
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
@@ -1,19 +0,0 @@
|
||||
#ifndef __H5_INQUIRY_H
|
||||
#define __H5_INQUIRY_H
|
||||
|
||||
h5_size_t
|
||||
H5GetNumNodes (
|
||||
h5_file_t * const f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_size_t
|
||||
H5GetNumSteps (
|
||||
h5_file_t * const f
|
||||
);
|
||||
|
||||
h5_err_t
|
||||
H5HasStep (
|
||||
h5_file_t * const f,
|
||||
h5_id_t step
|
||||
);
|
||||
#endif
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