from mathutils import Gaussian,fit_gaussian, calculate_peaks

##############################################################################################
#Setup
##############################################################################################
#try:
#    collimator.move("In")
#except:
#    pass

shutter.write(1)

step_size = 0.05

##############################################################################################
#Scan
##############################################################################################

result = lscan (collimatorX, diode, -0.3, 0.3 , 30, 0.2, relative = True)
shutter.write(0)


##############################################################################################
#Peak detection
##############################################################################################

y = result.getReadable(0)
x = result.getPositions(0)
(normalization, mean, sigma) = fit_gaussian(y, x, True)
fitted_gaussian_function = Gaussian(normalization, mean, sigma)
print "Mean = " + str(mean)


resolution = step_size/100
fit_gaussian = []
for p in frange(x[0],x[-1],resolution, True):
    fit_gaussian.append(fitted_gaussian_function.value(p))
gx = frange(x[0], x[-1]+resolution, resolution)

plots = plot([y, fit_gaussian], ["data", "gaussian"], xdata = [x,gx] )
plots[0].addMarker(mean, None, "Mean=" + str(round(mean,2)), None)