mirror of
https://github.com/slsdetectorgroup/slsDetectorPackage.git
synced 2025-04-22 22:40:02 +02:00
Splitted fileIO with fileIOStatic.h
git-svn-id: file:///afs/psi.ch/project/sls_det_software/svn/slsDetectorSoftware@235 951219d9-93cf-4727-9268-0efd64621fa3
This commit is contained in:
bergamaschi
parent
852bd47bc9
commit
b0eea2a6e6
@ -82,7 +82,6 @@ class slsDetectorActions : public virtual slsDetectorBase
|
|||||||
*/
|
*/
|
||||||
int getActionMode(int iaction);
|
int getActionMode(int iaction);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
set scan
|
set scan
|
||||||
\param index of the scan (0,1)
|
\param index of the scan (0,1)
|
||||||
|
|||||||
@ -22,6 +22,8 @@ class angCalLogClass {
|
|||||||
sprintf(cmd,"_%d.angcal",det->getFileIndex()); \
|
sprintf(cmd,"_%d.angcal",det->getFileIndex()); \
|
||||||
outfile.open(string(det->getFilePath()+string("/")+det->getFileName()+string(cmd)).c_str()); \
|
outfile.open(string(det->getFilePath()+string("/")+det->getFileName()+string(cmd)).c_str()); \
|
||||||
myDet=new slsDetectorCommand(det); \
|
myDet=new slsDetectorCommand(det); \
|
||||||
|
strcpy(cmd,"type"); \
|
||||||
|
outfile << myDet->executeLine(1,argv,slsDetectorDefs::GET_ACTION) << endl; \
|
||||||
strcpy(cmd,"nmod"); \
|
strcpy(cmd,"nmod"); \
|
||||||
outfile << myDet->executeLine(1,argv,slsDetectorDefs::GET_ACTION) << endl; \
|
outfile << myDet->executeLine(1,argv,slsDetectorDefs::GET_ACTION) << endl; \
|
||||||
strcpy(cmd,"angconv"); \
|
strcpy(cmd,"angconv"); \
|
||||||
|
|||||||
@ -3,9 +3,17 @@
|
|||||||
|
|
||||||
#include <iostream>
|
#include <iostream>
|
||||||
#include <fstream>
|
#include <fstream>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef __CINT__
|
||||||
|
#define MYROOT
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef MYROOT
|
||||||
#include "slsDetectorCommand.h"
|
#include "slsDetectorCommand.h"
|
||||||
#include "slsDetectorUtils.h"
|
#include "slsDetectorUtils.h"
|
||||||
#include "sls_detector_defs.h"
|
#include "sls_detector_defs.h"
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
using namespace std;
|
using namespace std;
|
||||||
|
|
||||||
@ -14,41 +22,113 @@ class enCalLogClass {
|
|||||||
|
|
||||||
public:
|
public:
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef MYROOT
|
||||||
enCalLogClass(slsDetectorUtils *det){ \
|
enCalLogClass(slsDetectorUtils *det){ \
|
||||||
char cmd[1000];
|
char cmd[1000]; \
|
||||||
char *argv[2]; \
|
char *argv[2]; \
|
||||||
|
strcpy(vars[0],"settings"); \
|
||||||
|
strcpy(vars[1],"type"); \
|
||||||
|
strcpy(vars[2],"nmod"); \
|
||||||
|
strcpy(vars[3],"modulenumber"); \
|
||||||
argv[0]=cmd; \
|
argv[0]=cmd; \
|
||||||
sprintf(cmd,"_%d.encal",det->getFileIndex()); \
|
sprintf(cmd,"_%d.encal",det->getFileIndex()); \
|
||||||
outfile.open(string(det->getFilePath()+string("/")+det->getFileName()+string(cmd)).c_str()); \
|
outfile.open(string(det->getFilePath()+string("/")+det->getFileName()+string(cmd)).c_str()); \
|
||||||
myDet=new slsDetectorCommand(det); \
|
myDet=new slsDetectorCommand(det); \
|
||||||
strcpy(cmd,"settings"); \
|
strcpy(cmd,vars[0]); \
|
||||||
outfile << myDet->executeLine(1,argv,slsDetectorDefs::GET_ACTION) << endl; \
|
outfile << cmd << " " << myDet->executeLine(1,argv,slsDetectorDefs::GET_ACTION) << endl; \
|
||||||
strcpy(cmd,"nmod"); \
|
strcpy(cmd,vars[1]); \
|
||||||
outfile << myDet->executeLine(1,argv,slsDetectorDefs::GET_ACTION) << endl; \
|
outfile << cmd << " " << myDet->executeLine(1,argv,slsDetectorDefs::GET_ACTION) << endl; \
|
||||||
|
strcpy(cmd,vars[2]); \
|
||||||
|
outfile << cmd << " " << myDet->executeLine(1,argv,slsDetectorDefs::GET_ACTION) << endl; \
|
||||||
for (int im=0; im<det->setNumberOfModules(); im++) { \
|
for (int im=0; im<det->setNumberOfModules(); im++) { \
|
||||||
sprintf(cmd,"modulenumber:%d",im); \
|
sprintf(cmd,"%s:%d",vars[3],im); \
|
||||||
outfile << myDet->executeLine(1,argv,slsDetectorDefs::GET_ACTION) << endl; \
|
outfile << cmd << " " << myDet->executeLine(1,argv,slsDetectorDefs::GET_ACTION) << endl; \
|
||||||
}; \
|
} \
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
~enCalLogClass(){delete myDet; outfile.close();};
|
~enCalLogClass(){delete myDet; outfile.close();};
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
enCalLogClass() { \
|
||||||
|
strcpy(vars[0],"settings"); \
|
||||||
|
strcpy(vars[1],"type"); \
|
||||||
|
strcpy(vars[2],"nmod"); \
|
||||||
|
strcpy(vars[3],"modulenumber"); \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
~enCalLogClass(){};
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int addStep(double threshold, string fname) {outfile << threshold << " " << fname << endl; return 0;};
|
int addStep(double threshold, string fname) {outfile << threshold << " " << fname << endl; return 0;};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
//
|
||||||
|
|
||||||
|
int readHeader(ifstream &infile, char *settings, int &nmod, int &chanspermod, int *mods ) { \
|
||||||
|
nmod=0; strcpy(settings,"unknown"); chanspermod=0; \
|
||||||
|
char line[1000], myvar[100], myarg[100]; \
|
||||||
|
int dum; \
|
||||||
|
for (int iv=0; iv<3; iv++) { \
|
||||||
|
infile.getline(line,1000); \
|
||||||
|
switch (iv) { \
|
||||||
|
case 0: \
|
||||||
|
sscanf(line,"settings %s", settings); \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
case 1: \
|
||||||
|
sscanf(line,"type %s", myarg); \
|
||||||
|
if (string(myarg).find("Mythen")!=string::npos) \
|
||||||
|
chanspermod=1280; \
|
||||||
|
else if (string(myarg).find("Gotthard")!=string::npos) \
|
||||||
|
chanspermod=1280; \
|
||||||
|
else \
|
||||||
|
chanspermod=65535; \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
case 2: \
|
||||||
|
sscanf(line,"nmod %d", &nmod); \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
default: \
|
||||||
|
; \
|
||||||
|
}; \
|
||||||
|
if (infile.bad() || infile.eof()) { cout << "bad file "<< iv << endl; return -1;} \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
for (int im=0; im<nmod; im++) { \
|
||||||
|
infile.getline(line,1000); \
|
||||||
|
sscanf(line,"modulenumber:%d %x",&dum,mods+im); \
|
||||||
|
if (dum!=im) cout << "read module number "<< dum << " does not match with " << im << " as expected" << endl;
|
||||||
|
if (infile.bad() || infile.eof()) { cout << "bad file - module "<< im << endl; return -1;} \
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
\
|
||||||
|
return 0; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
int getStep(ifstream &infile, double &threshold, char *datafname){ \
|
||||||
|
char line[1000]; \
|
||||||
|
float v;
|
||||||
|
infile.getline(line,1000); \
|
||||||
|
if (sscanf(line,"%g %s",&v, datafname)<2) return -1; \
|
||||||
|
threshold=v; \
|
||||||
|
if (infile.bad() || infile.eof()) \
|
||||||
|
return -1; \
|
||||||
|
return 0; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
private:
|
private:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef MYROOT
|
||||||
slsDetectorCommand *myDet;
|
slsDetectorCommand *myDet;
|
||||||
|
#endif
|
||||||
ofstream outfile;
|
ofstream outfile;
|
||||||
|
ifstream infile;
|
||||||
|
char vars[4][100];
|
||||||
|
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
#endif
|
#endif
|
||||||
|
|||||||
@ -3,56 +3,13 @@
|
|||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
string fileIO::createFileName(char *filepath, char *filename, int aMask, double sv0, int prec0, double sv1, int prec1, int pindex, int npos, int findex) {
|
|
||||||
ostringstream osfn;
|
|
||||||
// string fn;
|
|
||||||
/*directory name +root file name */
|
|
||||||
osfn << filepath << "/" << filename;
|
|
||||||
|
|
||||||
// cout << osfn.str() << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
// scan level 0
|
|
||||||
if ( aMask& (1 << (MAX_ACTIONS)))
|
|
||||||
osfn << "_S" << fixed << setprecision(prec0) << sv0;
|
|
||||||
|
|
||||||
//cout << osfn.str() << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
//scan level 1
|
|
||||||
if (aMask & (1 << (MAX_ACTIONS+1)))
|
|
||||||
osfn << "_s" << fixed << setprecision(prec1) << sv1;
|
|
||||||
|
|
||||||
//cout << osfn.str() << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
//position
|
|
||||||
if (pindex>0 && pindex<=npos)
|
|
||||||
osfn << "_p" << pindex;
|
|
||||||
|
|
||||||
//cout << osfn.str() << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
// file index
|
|
||||||
osfn << "_" << findex;
|
|
||||||
|
|
||||||
//cout << osfn.str() << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
cout << "created file name " << osfn.str() << endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
//cout << osfn.str() << endl;
|
|
||||||
//fn=oosfn.str()sfn.str();
|
|
||||||
return osfn.str();
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/* I/O */
|
/* I/O */
|
||||||
|
|
||||||
/* generates file name without extension*/
|
/* generates file name without extension*/
|
||||||
|
|
||||||
string fileIO::createFileName() {
|
string fileIO::createFileName() {
|
||||||
currentFileName=createFileName(filePath, \
|
currentFileName=fileIOStatic::createFileName(filePath, \
|
||||||
fileName, \
|
fileName, \
|
||||||
getActionMask(), \
|
getActionMask(), \
|
||||||
getCurrentScanVariable(0), \
|
getCurrentScanVariable(0), \
|
||||||
@ -68,496 +25,6 @@ string fileIO::createFileName() {
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::getFileIndexFromFileName(string fname) {
|
|
||||||
int i;
|
|
||||||
size_t dot=fname.rfind(".");
|
|
||||||
if (dot==string::npos)
|
|
||||||
return -1;
|
|
||||||
size_t uscore=fname.rfind("_");
|
|
||||||
if (uscore==string::npos)
|
|
||||||
return -1;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (sscanf( fname.substr(uscore+1,dot-uscore-1).c_str(),"%d",&i)) {
|
|
||||||
|
|
||||||
return i;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
//#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
cout << "******************************** cannot parse file index" << endl;
|
|
||||||
//#endif
|
|
||||||
return 0;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::getVariablesFromFileName(string fname, int &index, int &p_index, double &sv0, double &sv1) {
|
|
||||||
|
|
||||||
int i;
|
|
||||||
double f;
|
|
||||||
string s;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
index=-1;
|
|
||||||
p_index=-1;
|
|
||||||
sv0=-1;
|
|
||||||
sv1=-1;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// size_t dot=fname.rfind(".");
|
|
||||||
//if (dot==string::npos)
|
|
||||||
// return -1;
|
|
||||||
size_t uscore=fname.rfind("_");
|
|
||||||
if (uscore==string::npos)
|
|
||||||
return -1;
|
|
||||||
s=fname;
|
|
||||||
|
|
||||||
//if (sscanf(s.substr(uscore+1,dot-uscore-1).c_str(),"%d",&i)) {
|
|
||||||
if (sscanf(s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"%d",&i)) {
|
|
||||||
index=i;
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
cout << "******************************** file index is " << index << endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
//return i;
|
|
||||||
s=fname.substr(0,uscore);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
cout << "******************************** cannot parse file index" << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
cout << s << endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
uscore=s.rfind("_");
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
if (sscanf( s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"p%d",&i)) {
|
|
||||||
p_index=i;
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
cout << "******************************** position index is " << p_index << endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
s=fname.substr(0,uscore);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
cout << "******************************** cannot parse position index" << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
cout << s << endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
uscore=s.rfind("_");
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
if (sscanf( s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"s%lf",&f)) {
|
|
||||||
sv1=f;
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
cout << "******************************** scan variable 1 is " << sv1 << endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
s=fname.substr(0,uscore);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
cout << "******************************** cannot parse scan varable 1" << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
cout << s << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
uscore=s.rfind("_");
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
if (sscanf( s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"S%lf",&f)) {
|
|
||||||
sv0=f;
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
cout << "******************************** scan variable 0 is " << sv0 << endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
cout << "******************************** cannot parse scan varable 0" << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
return index;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::writeDataFile(string fname, int nch, double *data, double *err, double *ang, char dataformat){
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
ofstream outfile;
|
|
||||||
// int idata;
|
|
||||||
if (data==NULL)
|
|
||||||
return FAIL;
|
|
||||||
|
|
||||||
// args|=0x10; // one line per channel!
|
|
||||||
|
|
||||||
outfile.open (fname.c_str(),ios_base::out);
|
|
||||||
if (outfile.is_open())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
writeDataFile(outfile, nch, data, err, ang, dataformat, 0);
|
|
||||||
outfile.close();
|
|
||||||
return OK;
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
std::cout<< "Could not open file " << fname << "for writing"<< std::endl;
|
|
||||||
return FAIL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, int nch, double *data, double *err, double *ang, char dataformat, int offset){
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int idata;
|
|
||||||
if (data==NULL)
|
|
||||||
return FAIL;
|
|
||||||
|
|
||||||
// args|=0x10; // one line per channel!
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
for (int ichan=0; ichan<nch; ichan++) {
|
|
||||||
if (ang==NULL) {
|
|
||||||
outfile << ichan+offset << " ";
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
outfile << ang[ichan] << " ";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
switch (dataformat) {
|
|
||||||
case 'f':
|
|
||||||
outfile << *(data+ichan)<< " ";
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
case 'i':
|
|
||||||
default:
|
|
||||||
idata=(int)(*(data+ichan));
|
|
||||||
outfile << idata << " ";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (err) {
|
|
||||||
outfile << *(err+ichan)<< " ";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
// if (args&0x10) {
|
|
||||||
outfile << std::endl;
|
|
||||||
// }
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return OK;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/*writes raw data file */
|
|
||||||
int fileIO::writeDataFile(string fname, int nch, int *data){
|
|
||||||
ofstream outfile;
|
|
||||||
if (data==NULL)
|
|
||||||
return FAIL;
|
|
||||||
|
|
||||||
outfile.open (fname.c_str(),ios_base::out);
|
|
||||||
if (outfile.is_open())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
writeDataFile(outfile, nch, data, 0);
|
|
||||||
outfile.close();
|
|
||||||
return OK;
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
std::cout<< "Could not open file " << fname << "for writing"<< std::endl;
|
|
||||||
return FAIL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/*writes raw data file */
|
|
||||||
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, int nch, int *data, int offset){
|
|
||||||
if (data==NULL)
|
|
||||||
return FAIL;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (int ichan=0; ichan<nch; ichan++)
|
|
||||||
outfile << ichan+offset << " " << *(data+ichan) << std::endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
return OK;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/*writes raw data file */
|
|
||||||
int fileIO::writeDataFile(string fname, int nch, short int *data){
|
|
||||||
ofstream outfile;
|
|
||||||
if (data==NULL)
|
|
||||||
return FAIL;
|
|
||||||
|
|
||||||
outfile.open (fname.c_str(),ios_base::out);
|
|
||||||
if (outfile.is_open())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
writeDataFile(outfile, nch, data, 0);
|
|
||||||
outfile.close();
|
|
||||||
return OK;
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
std::cout<< "Could not open file " << fname << "for writing"<< std::endl;
|
|
||||||
return FAIL;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/*writes raw data file */
|
|
||||||
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, int nch, short int *data, int offset){
|
|
||||||
if (data==NULL)
|
|
||||||
return FAIL;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (int ichan=0; ichan<nch; ichan++)
|
|
||||||
outfile << ichan+offset << " " << *(data+ichan) << std::endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
return OK;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(int nch, string fname, double *data, double *err, double *ang, char dataformat){
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
ifstream infile;
|
|
||||||
int iline=0;//ichan,
|
|
||||||
//int interrupt=0;
|
|
||||||
//double fdata, ferr, fang;
|
|
||||||
int maxchans;
|
|
||||||
//int ich;
|
|
||||||
string str;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
maxchans=nch;
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
std::cout<< "Opening file "<< fname << std::endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
infile.open(fname.c_str(), ios_base::in);
|
|
||||||
if (infile.is_open()) {
|
|
||||||
iline=readDataFile(nch, infile, data, err, ang, dataformat, 0);
|
|
||||||
infile.close();
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
std::cout<< "Could not read file " << fname << std::endl;
|
|
||||||
return -1;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return iline;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(int nch, ifstream &infile, double *data, double *err, double *ang, char dataformat, int offset){
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int ichan,iline=0;
|
|
||||||
int interrupt=0;
|
|
||||||
double fdata, ferr, fang;
|
|
||||||
int maxchans;
|
|
||||||
int ich;
|
|
||||||
string str;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
maxchans=nch;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
while (infile.good() and interrupt==0) {
|
|
||||||
getline(infile,str);
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
std::cout<< str << std::endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
istringstream ssstr(str);
|
|
||||||
if (ang==NULL) {
|
|
||||||
ssstr >> ichan >> fdata;
|
|
||||||
//ich=ichan;
|
|
||||||
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) {
|
|
||||||
interrupt=1;
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
// if (ich!=iline)
|
|
||||||
// std::cout<< "Channel number " << ichan << " does not match with line number " << iline << " " << dataformat << std::endl;
|
|
||||||
ich=iline;
|
|
||||||
if (ichan<offset)
|
|
||||||
continue;
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
ssstr >> fang >> fdata;
|
|
||||||
ich=iline;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) {
|
|
||||||
interrupt=1;
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (err)
|
|
||||||
ssstr >> ferr;
|
|
||||||
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) {
|
|
||||||
interrupt=1;
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (ich<maxchans) {
|
|
||||||
if (ang) {
|
|
||||||
ang[ich]=fang;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
data[ich]=fdata;
|
|
||||||
if (err)
|
|
||||||
err[ich]=ferr;
|
|
||||||
iline++;
|
|
||||||
} // else {
|
|
||||||
// std::cout<< " too many lines in file: "<< iline << " instead of " << maxchans << std::endl;
|
|
||||||
// interrupt=1;
|
|
||||||
// break;
|
|
||||||
// }
|
|
||||||
if (iline>=nch) {
|
|
||||||
interrupt=1;
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return iline;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(string fname, int *data, int nch){
|
|
||||||
|
|
||||||
ifstream infile;
|
|
||||||
int iline=0;//ichan, idata,
|
|
||||||
//int interrupt=0;
|
|
||||||
string str;
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
std::cout<< "Opening file "<< fname << std::endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
infile.open(fname.c_str(), ios_base::in);
|
|
||||||
if (infile.is_open()) {
|
|
||||||
iline=readDataFile(infile, data, nch, 0);
|
|
||||||
infile.close();
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
std::cout<< "Could not read file " << fname << std::endl;
|
|
||||||
return -1;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return iline;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, int *data, int nch, int offset){
|
|
||||||
|
|
||||||
int ichan, idata, iline=0;
|
|
||||||
int interrupt=0;
|
|
||||||
string str;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
while (infile.good() and interrupt==0) {
|
|
||||||
getline(infile,str);
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
std::cout<< str << std::endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
istringstream ssstr(str);
|
|
||||||
ssstr >> ichan >> idata;
|
|
||||||
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) {
|
|
||||||
interrupt=1;
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
// if (ichan!=iline) {
|
|
||||||
// std::cout<< " Expected channel "<< iline <<" but read channel "<< ichan << std::endl;
|
|
||||||
// interrupt=1;
|
|
||||||
// break;
|
|
||||||
// } else {
|
|
||||||
if (iline<nch) {
|
|
||||||
if (ichan>=offset) {
|
|
||||||
data[iline]=idata;
|
|
||||||
iline++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
interrupt=1;
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
// }
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return iline;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(string fname, short int *data, int nch){
|
|
||||||
|
|
||||||
ifstream infile;
|
|
||||||
int iline=0;//ichan,
|
|
||||||
//int interrupt=0;
|
|
||||||
string str;
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
std::cout<< "Opening file "<< fname << std::endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
infile.open(fname.c_str(), ios_base::in);
|
|
||||||
if (infile.is_open()) {
|
|
||||||
iline=readDataFile(infile, data, nch, 0);
|
|
||||||
infile.close();
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
std::cout<< "Could not read file " << fname << std::endl;
|
|
||||||
return -1;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return iline;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, short int *data, int nch, int offset){
|
|
||||||
|
|
||||||
int ichan, iline=0;
|
|
||||||
short int idata;
|
|
||||||
int interrupt=0;
|
|
||||||
string str;
|
|
||||||
while (infile.good() and interrupt==0) {
|
|
||||||
getline(infile,str);
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
;//std::cout<< str << std::endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
istringstream ssstr(str);
|
|
||||||
ssstr >> ichan >> idata;
|
|
||||||
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) {
|
|
||||||
interrupt=1;
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
// if (ichan!=iline) {
|
|
||||||
// std::cout<< " Expected channel "<< iline <<" but read channel "<< ichan << std::endl;
|
|
||||||
// interrupt=1;
|
|
||||||
// break;
|
|
||||||
// } else {
|
|
||||||
if (iline<nch) {
|
|
||||||
if (ichan>=offset) {
|
|
||||||
data[iline]=idata;
|
|
||||||
iline++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
interrupt=1;
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
// }
|
|
||||||
#ifdef VERBOSE
|
|
||||||
;//std::cout<< "read " << iline <<" channels " << std::endl;
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return iline;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/*writes raw data file */
|
/*writes raw data file */
|
||||||
@ -566,28 +33,26 @@ int fileIO::writeDataFile(string fname, double *data, double *err, double *ang,
|
|||||||
if (nch==-1)
|
if (nch==-1)
|
||||||
nch=getTotalNumberOfChannels();
|
nch=getTotalNumberOfChannels();
|
||||||
|
|
||||||
return writeDataFile(fname, nch, data, err, ang, dataformat);
|
return fileIOStatic::writeDataFile(fname, nch, data, err, ang, dataformat);
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, double *data, double *err, double *ang, char dataformat, int nch, int offset){
|
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, double *data, double *err, double *ang, char dataformat, int nch, int offset){
|
||||||
if (nch==-1)
|
if (nch==-1)
|
||||||
nch=getTotalNumberOfChannels();
|
nch=getTotalNumberOfChannels();
|
||||||
|
|
||||||
return writeDataFile(outfile, nch, data, err, ang, dataformat, offset);
|
return fileIOStatic::writeDataFile(outfile, nch, data, err, ang, dataformat, offset);
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::writeDataFile(string fname, int *data){
|
int fileIO::writeDataFile(string fname, int *data){
|
||||||
|
|
||||||
return writeDataFile(fname, getTotalNumberOfChannels(), data);
|
return fileIOStatic::writeDataFile(fname, getTotalNumberOfChannels(), data);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, int *data, int offset){
|
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, int *data, int offset){
|
||||||
|
|
||||||
return writeDataFile(outfile, getTotalNumberOfChannels(), data, offset);
|
return fileIOStatic::writeDataFile(outfile, getTotalNumberOfChannels(), data, offset);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -596,24 +61,24 @@ int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, int *data, int offset){
|
|||||||
|
|
||||||
int fileIO::writeDataFile(string fname, short int *data){
|
int fileIO::writeDataFile(string fname, short int *data){
|
||||||
|
|
||||||
return writeDataFile(fname, getTotalNumberOfChannels(), data);
|
return fileIOStatic::writeDataFile(fname, getTotalNumberOfChannels(), data);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, short int *data, int offset){
|
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, short int *data, int offset){
|
||||||
|
|
||||||
return writeDataFile(outfile, getTotalNumberOfChannels(), data, offset);
|
return fileIOStatic::writeDataFile(outfile, getTotalNumberOfChannels(), data, offset);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(string fname, double *data, double *err, double *ang, char dataformat) {
|
int fileIO::readDataFile(string fname, double *data, double *err, double *ang, char dataformat) {
|
||||||
return readDataFile(getTotalNumberOfChannels(), fname, data, err, ang, dataformat);
|
return fileIOStatic::readDataFile(getTotalNumberOfChannels(), fname, data, err, ang, dataformat);
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, double *data, double *err, double *ang, char dataformat, int offset) {
|
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, double *data, double *err, double *ang, char dataformat, int offset) {
|
||||||
return readDataFile(getTotalNumberOfChannels(), infile, data, err, ang, dataformat, offset);
|
return fileIOStatic::readDataFile(getTotalNumberOfChannels(), infile, data, err, ang, dataformat, offset);
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -621,13 +86,13 @@ int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, double *data, double *err, double *an
|
|||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(string fname, int *data){
|
int fileIO::readDataFile(string fname, int *data){
|
||||||
|
|
||||||
return readDataFile(fname, data, getTotalNumberOfChannels());
|
return fileIOStatic::readDataFile(fname, data, getTotalNumberOfChannels());
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, int *data, int offset){
|
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, int *data, int offset){
|
||||||
|
|
||||||
return readDataFile(infile, data, getTotalNumberOfChannels(), offset);
|
return fileIOStatic::readDataFile(infile, data, getTotalNumberOfChannels(), offset);
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
@ -636,12 +101,12 @@ int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, int *data, int offset){
|
|||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(string fname, short int *data){
|
int fileIO::readDataFile(string fname, short int *data){
|
||||||
|
|
||||||
return readDataFile(fname, data, getTotalNumberOfChannels());
|
return fileIOStatic::readDataFile(fname, data, getTotalNumberOfChannels());
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, short int *data, int offset){
|
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, short int *data, int offset){
|
||||||
|
|
||||||
return readDataFile(infile, data, getTotalNumberOfChannels(),offset);
|
return fileIOStatic::readDataFile(infile, data, getTotalNumberOfChannels(),offset);
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -2,6 +2,8 @@
|
|||||||
#define FILEIO_H
|
#define FILEIO_H
|
||||||
|
|
||||||
#include "slsDetectorBase.h"
|
#include "slsDetectorBase.h"
|
||||||
|
#include "fileIOStatic.h"
|
||||||
|
|
||||||
#include <iostream>
|
#include <iostream>
|
||||||
#include <fstream>
|
#include <fstream>
|
||||||
#include <iomanip>
|
#include <iomanip>
|
||||||
@ -16,17 +18,21 @@ using namespace std;
|
|||||||
@short class handling the data file I/O flags
|
@short class handling the data file I/O flags
|
||||||
*/
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
class fileIO : public virtual slsDetectorBase {
|
class fileIO : public fileIOStatic, public virtual slsDetectorBase {
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
public:
|
public:
|
||||||
/** default constructor */
|
/** default constructor */
|
||||||
fileIO(){};
|
fileIO(): fileIOStatic() {};
|
||||||
/** virtual destructor */
|
/** virtual destructor */
|
||||||
virtual ~fileIO(){};
|
virtual ~fileIO(){};
|
||||||
|
|
||||||
|
using fileIOStatic::readDataFile;
|
||||||
|
using fileIOStatic::writeDataFile;
|
||||||
|
using fileIOStatic::createFileName;
|
||||||
|
|
||||||
|
int getFileIndexFromFileName(string fname){return fileIOStatic::getFileIndexFromFileName(fname);};
|
||||||
|
int getVariablesFromFileName(string fname, int &index, int &p_index, double &sv0, double &sv1){return fileIOStatic::getVariablesFromFileName(fname, index, p_index, sv0, sv1);};
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
sets the default output files path
|
sets the default output files path
|
||||||
\param s file path
|
\param s file path
|
||||||
@ -67,53 +73,9 @@ class fileIO : public virtual slsDetectorBase {
|
|||||||
int getFileIndex() {return *fileIndex;};
|
int getFileIndex() {return *fileIndex;};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/** generates file name without extension
|
|
||||||
|
|
||||||
always appends to file path and file name the run index.
|
|
||||||
|
|
||||||
in case also appends the position index and the two level of scan varaibles with the specified precision
|
|
||||||
|
|
||||||
Filenames will be of the form: filepath/filename(_Sy_sw_px)_i
|
|
||||||
where y is the scan0 variable, W is the scan 1 variable, x is the position index and i is the run index
|
|
||||||
\param filepath outdir
|
|
||||||
\param filename file root name
|
|
||||||
\param aMask action mask (scans, positions)
|
|
||||||
\param sv0 scan variable 0
|
|
||||||
\param prec0 scan precision 0
|
|
||||||
\param sv1 scan variable 1
|
|
||||||
\param prec1 scan precision 1
|
|
||||||
\param pindex position index
|
|
||||||
\param number of positions
|
|
||||||
\param findex file index
|
|
||||||
\returns file name without extension
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static string createFileName(char *filepath, char *filename, int aMask, double sv0, int prec0, double sv1, int prec1, int pindex, int npos, int findex);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
string createFileName();
|
string createFileName();
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/** static function that returns the file index from the file name
|
|
||||||
\param fname file name
|
|
||||||
\returns file index
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
int getFileIndexFromFileName(string fname);
|
|
||||||
|
|
||||||
/** static function that returns the variables from the file name
|
|
||||||
\param fname file name
|
|
||||||
\param index reference to index
|
|
||||||
\param p_index reference to position index
|
|
||||||
\param sv0 reference to scan variable 0
|
|
||||||
\param sv1 reference to scan variable 1
|
|
||||||
\returns file index
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int getVariablesFromFileName(string fname, int &index, int &p_index, double &sv0, double &sv1);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
/**
|
||||||
@ -242,138 +204,7 @@ class fileIO : public virtual slsDetectorBase {
|
|||||||
*/
|
*/
|
||||||
int readDataFile(ifstream &infile, short int *data, int offset=0);
|
int readDataFile(ifstream &infile, short int *data, int offset=0);
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
|
|
||||||
writes a data file
|
|
||||||
\param fname of the file to be written
|
|
||||||
\param nch number of channels to be written
|
|
||||||
\param data array of data values
|
|
||||||
\param err array of arrors on the data. If NULL no errors will be written
|
|
||||||
\param ang array of angular values. If NULL data will be in the form chan-val(-err) otherwise ang-val(-err)
|
|
||||||
\param dataformat format of the data: can be 'i' integer or 'f' double (default)
|
|
||||||
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
|
||||||
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
|
|
||||||
static int writeDataFile(string fname, int nch, double *data, double *err=NULL, double *ang=NULL, char dataformat='f');
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
writes a data file
|
|
||||||
\param outfile output file stream
|
|
||||||
\param nch number of channels to be written
|
|
||||||
\param data array of data values
|
|
||||||
\param err array of arrors on the data. If NULL no errors will be written
|
|
||||||
\param ang array of angular values. If NULL data will be in the form chan-val(-err) otherwise ang-val(-err)
|
|
||||||
\param dataformat format of the data: can be 'i' integer or 'f' double (default)
|
|
||||||
\param offset start channel number
|
|
||||||
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int writeDataFile(ofstream &outfile, int nch, double *data, double *err=NULL, double *ang=NULL, char dataformat='f', int offset=0);
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
writes a raw data file
|
|
||||||
\param fname of the file to be written
|
|
||||||
\param nch number of channels
|
|
||||||
\param data array of data values
|
|
||||||
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int writeDataFile(string fname,int nch, int *data);
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
writes a raw data file
|
|
||||||
\param outfile output file stream
|
|
||||||
\param nch number of channels
|
|
||||||
\param data array of data values
|
|
||||||
\param offset start channel number
|
|
||||||
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int writeDataFile(ofstream &outfile,int nch, int *data, int offset=0);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
|
|
||||||
writes a short int raw data file
|
|
||||||
\param fname of the file to be written
|
|
||||||
\param nch number of channels
|
|
||||||
\param data array of data values
|
|
||||||
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int writeDataFile(string fname,int nch, short int *data);
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
writes a short int raw data file
|
|
||||||
\param outfile output file stream
|
|
||||||
\param nch number of channels
|
|
||||||
\param data array of data values
|
|
||||||
\param offset start channel number
|
|
||||||
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int writeDataFile(ofstream &outfile,int nch, short int *data, int offset=0);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
reads a data file
|
|
||||||
\param nch number of channels
|
|
||||||
\param fname of the file to be read
|
|
||||||
\param data array of data values to be filled
|
|
||||||
\param err array of arrors on the data. If NULL no errors are expected on the file
|
|
||||||
\param ang array of angular values. If NULL data are expected in the form chan-val(-err) otherwise ang-val(-err)
|
|
||||||
\param dataformat format of the data: can be 'i' integer or 'f' double (default)
|
|
||||||
\returns number of channels read or -1 if it could not read the file or data=NULL
|
|
||||||
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int readDataFile(int nch, string fname, double *data, double *err=NULL, double *ang=NULL, char dataformat='f');
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
reads a data file
|
|
||||||
\param nch number of channels
|
|
||||||
\param infile input file stream
|
|
||||||
\param data array of data values to be filled
|
|
||||||
\param err array of arrors on the data. If NULL no errors are expected on the file
|
|
||||||
\param ang array of angular values. If NULL data are expected in the form chan-val(-err) otherwise ang-val(-err)
|
|
||||||
\param dataformat format of the data: can be 'i' integer or 'f' double (default)
|
|
||||||
\param offset start channel number
|
|
||||||
\returns number of channels read or -1 if it could not read the file or data=NULL
|
|
||||||
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int readDataFile(int nch, ifstream &infile, double *data, double *err=NULL, double *ang=NULL, char dataformat='f', int offset=0);
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
reads a raw data file
|
|
||||||
\param fname of the file to be read
|
|
||||||
\param data array of data values
|
|
||||||
\param nch number of channels
|
|
||||||
\returns OK or FAIL if it could not read the file or data=NULL
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int readDataFile(string fname, int *data, int nch);
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
reads a raw data file
|
|
||||||
\param infile input file stream
|
|
||||||
\param data array of data values
|
|
||||||
\param nch number of channels
|
|
||||||
\param offset start channel value
|
|
||||||
\returns OK or FAIL if it could not read the file or data=NULL
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int readDataFile(ifstream &infile, int *data, int nch, int offset);
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
reads a short int rawdata file
|
|
||||||
\param name of the file to be read
|
|
||||||
\param data array of data values
|
|
||||||
\param nch number of channels
|
|
||||||
\returns OK or FAIL if it could not read the file or data=NULL
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int readDataFile(string fname, short int *data, int nch);
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
reads a short int raw data file
|
|
||||||
\param infile input file stream
|
|
||||||
\param data array of data values
|
|
||||||
\param nch number of channels
|
|
||||||
\param offset start channel value
|
|
||||||
\returns OK or FAIL if it could not read the file or data=NULL
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
static int readDataFile(ifstream &infile, short int *data, int nch, int offset);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
protected:
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
477
slsDetectorSoftware/slsDetectorAnalysis/fileIOStatic.h
Normal file
477
slsDetectorSoftware/slsDetectorAnalysis/fileIOStatic.h
Normal file
@ -0,0 +1,477 @@
|
|||||||
|
#ifndef FILEIO_STATIC_H
|
||||||
|
#define FILEIO_STATIC_H
|
||||||
|
|
||||||
|
#include <iostream>
|
||||||
|
#include <fstream>
|
||||||
|
#include <iomanip>
|
||||||
|
#include <cstring>
|
||||||
|
#include <string>
|
||||||
|
#include <sstream>
|
||||||
|
#include <queue>
|
||||||
|
#include <math.h>
|
||||||
|
#include "sls_detector_defs.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
using namespace std;
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
@short class handling the data file I/O flags
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
|
class fileIOStatic {
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
/** default constructor */
|
||||||
|
fileIOStatic(){};
|
||||||
|
/** virtual de`structor */
|
||||||
|
virtual ~fileIOStatic(){};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/** generates file name without extension
|
||||||
|
|
||||||
|
always appends to file path and file name the run index.
|
||||||
|
|
||||||
|
in case also appends the position index and the two level of scan varaibles with the specified precision
|
||||||
|
|
||||||
|
Filenames will be of the form: filepath/filename(_Sy_sw_px)_i
|
||||||
|
where y is the scan0 variable, W is the scan 1 variable, x is the position index and i is the run index
|
||||||
|
\param filepath outdir
|
||||||
|
\param filename file root name
|
||||||
|
\param aMask action mask (scans, positions)
|
||||||
|
\param sv0 scan variable 0
|
||||||
|
\param prec0 scan precision 0
|
||||||
|
\param sv1 scan variable 1
|
||||||
|
\param prec1 scan precision 1
|
||||||
|
\param pindex position index
|
||||||
|
\param number of positions
|
||||||
|
\param findex file index
|
||||||
|
\returns file name without extension
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static string createFileName(char *filepath, char *filename, int aMask, double sv0, int prec0, double sv1, int prec1, int pindex, int npos, int findex){ \
|
||||||
|
ostringstream osfn; \
|
||||||
|
osfn << filepath << "/" << filename; \
|
||||||
|
if ( aMask& (1 << (slsDetectorDefs::MAX_ACTIONS))) osfn << "_S" << fixed << setprecision(prec0) << sv0; \
|
||||||
|
if (aMask & (1 << (slsDetectorDefs::MAX_ACTIONS+1))) osfn << "_s" << fixed << setprecision(prec1) << sv1; \
|
||||||
|
if (pindex>0 && pindex<=npos) osfn << "_p" << pindex; \
|
||||||
|
osfn << "_" << findex; \
|
||||||
|
return osfn.str(); \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
/** static function that returns the file index from the file name
|
||||||
|
\param fname file name
|
||||||
|
\returns file index
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int getFileIndexFromFileName(string fname){ \
|
||||||
|
int i; \
|
||||||
|
size_t dot=fname.rfind("."); \
|
||||||
|
if (dot==string::npos) \
|
||||||
|
return -1; \
|
||||||
|
size_t uscore=fname.rfind("_"); \
|
||||||
|
if (uscore==string::npos) return -1; \
|
||||||
|
if (sscanf( fname.substr(uscore+1,dot-uscore-1).c_str(),"%d",&i)) return i; \
|
||||||
|
cout << "******************************** cannot parse file index" << endl; \
|
||||||
|
return 0; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/** static function that returns the variables from the file name
|
||||||
|
\param fname file name
|
||||||
|
\param index reference to index
|
||||||
|
\param p_index reference to position index
|
||||||
|
\param sv0 reference to scan variable 0
|
||||||
|
\param sv1 reference to scan variable 1
|
||||||
|
\returns file index
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int getVariablesFromFileName(string fname, int &index, int &p_index, double &sv0, double &sv1) { \
|
||||||
|
int i; \
|
||||||
|
double f; \
|
||||||
|
string s; \
|
||||||
|
index=-1; \
|
||||||
|
p_index=-1; \
|
||||||
|
sv0=-1; \
|
||||||
|
sv1=-1; \
|
||||||
|
size_t uscore=fname.rfind("_"); \
|
||||||
|
if (uscore==string::npos) return -1; \
|
||||||
|
s=fname; \
|
||||||
|
if (sscanf(s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"%d",&i)) { \
|
||||||
|
index=i; \
|
||||||
|
s=fname.substr(0,uscore); \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
else cout << "******************************** cannot parse file index" << endl; \
|
||||||
|
uscore=s.rfind("_"); \
|
||||||
|
if (sscanf( s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"p%d",&i)) { \
|
||||||
|
p_index=i; \
|
||||||
|
s=fname.substr(0,uscore); \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
else cout << "******************************** cannot parse position index" << endl; \
|
||||||
|
uscore=s.rfind("_"); \
|
||||||
|
if (sscanf( s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"s%lf",&f)) { \
|
||||||
|
sv1=f; \
|
||||||
|
s=fname.substr(0,uscore); \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
else cout << "******************************** cannot parse scan varable 1" << endl; \
|
||||||
|
uscore=s.rfind("_"); \
|
||||||
|
if (sscanf( s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"S%lf",&f)) { \
|
||||||
|
sv0=f; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
else cout << "******************************** cannot parse scan varable 0" << endl; \
|
||||||
|
return index; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
|
||||||
|
writes a data file
|
||||||
|
\param fname of the file to be written
|
||||||
|
\param nch number of channels to be written
|
||||||
|
\param data array of data values
|
||||||
|
\param err array of arrors on the data. If NULL no errors will be written
|
||||||
|
\param ang array of angular values. If NULL data will be in the form chan-val(-err) otherwise ang-val(-err)
|
||||||
|
\param dataformat format of the data: can be 'i' integer or 'f' double (default)
|
||||||
|
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
||||||
|
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
|
static int writeDataFile(string fname, int nch, double *data, double *err=NULL, double *ang=NULL, char dataformat='f'){ \
|
||||||
|
ofstream outfile; \
|
||||||
|
if (data==NULL) return slsDetectorDefs::FAIL; \
|
||||||
|
outfile.open (fname.c_str(),ios_base::out); \
|
||||||
|
if (outfile.is_open()) { \
|
||||||
|
writeDataFile(outfile, nch, data, err, ang, dataformat, 0); \
|
||||||
|
outfile.close(); \
|
||||||
|
return slsDetectorDefs::OK; \
|
||||||
|
} else { \
|
||||||
|
std::cout<< "Could not open file " << fname << "for writing"<< std::endl; \
|
||||||
|
return slsDetectorDefs::FAIL; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
writes a data file
|
||||||
|
\param outfile output file stream
|
||||||
|
\param nch number of channels to be written
|
||||||
|
\param data array of data values
|
||||||
|
\param err array of arrors on the data. If NULL no errors will be written
|
||||||
|
\param ang array of angular values. If NULL data will be in the form chan-val(-err) otherwise ang-val(-err)
|
||||||
|
\param dataformat format of the data: can be 'i' integer or 'f' double (default)
|
||||||
|
\param offset start channel number
|
||||||
|
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int writeDataFile(ofstream &outfile, int nch, double *data, double *err=NULL, double *ang=NULL, char dataformat='f', int offset=0){ \
|
||||||
|
int idata; \
|
||||||
|
if (data==NULL) \
|
||||||
|
return slsDetectorDefs::FAIL; \
|
||||||
|
for (int ichan=0; ichan<nch; ichan++) { \
|
||||||
|
if (ang==NULL) { \
|
||||||
|
outfile << ichan+offset << " "; \
|
||||||
|
} else { \
|
||||||
|
outfile << ang[ichan] << " "; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
switch (dataformat) { \
|
||||||
|
case 'f': \
|
||||||
|
outfile << *(data+ichan)<< " "; \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
case 'i': \
|
||||||
|
default: \
|
||||||
|
idata=(int)(*(data+ichan)); \
|
||||||
|
outfile << idata << " "; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
if (err) { \
|
||||||
|
outfile << *(err+ichan)<< " "; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
outfile << std::endl; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
return slsDetectorDefs::OK; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
writes a raw data file
|
||||||
|
\param fname of the file to be written
|
||||||
|
\param nch number of channels
|
||||||
|
\param data array of data values
|
||||||
|
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int writeDataFile(string fname,int nch, int *data){ \
|
||||||
|
ofstream outfile; \
|
||||||
|
if (data==NULL) return slsDetectorDefs::FAIL; \
|
||||||
|
outfile.open (fname.c_str(),ios_base::out); \
|
||||||
|
if (outfile.is_open()) { \
|
||||||
|
writeDataFile(outfile, nch, data, 0); \
|
||||||
|
outfile.close(); \
|
||||||
|
return slsDetectorDefs::OK; \
|
||||||
|
} else { \
|
||||||
|
std::cout<< "Could not open file " << fname << "for writing"<< std::endl; \
|
||||||
|
return slsDetectorDefs::FAIL; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
writes a raw data file
|
||||||
|
\param outfile output file stream
|
||||||
|
\param nch number of channels
|
||||||
|
\param data array of data values
|
||||||
|
\param offset start channel number
|
||||||
|
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int writeDataFile(ofstream &outfile,int nch, int *data, int offset=0){ \
|
||||||
|
if (data==NULL) return slsDetectorDefs::FAIL; \
|
||||||
|
for (int ichan=0; ichan<nch; ichan++) outfile << ichan+offset << " " << *(data+ichan) << std::endl; \
|
||||||
|
return slsDetectorDefs::OK; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
|
||||||
|
writes a short int raw data file
|
||||||
|
\param fname of the file to be written
|
||||||
|
\param nch number of channels
|
||||||
|
\param data array of data values
|
||||||
|
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int writeDataFile(string fname,int nch, short int *data) { \
|
||||||
|
ofstream outfile; \
|
||||||
|
if (data==NULL) return slsDetectorDefs::FAIL; \
|
||||||
|
outfile.open (fname.c_str(),ios_base::out); \
|
||||||
|
if (outfile.is_open()) { \
|
||||||
|
writeDataFile(outfile, nch, data, 0); \
|
||||||
|
outfile.close(); \
|
||||||
|
return slsDetectorDefs::OK; \
|
||||||
|
} else { \
|
||||||
|
std::cout<< "Could not open file " << fname << "for writing"<< std::endl; \
|
||||||
|
return slsDetectorDefs::FAIL; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
writes a short int raw data file
|
||||||
|
\param outfile output file stream
|
||||||
|
\param nch number of channels
|
||||||
|
\param data array of data values
|
||||||
|
\param offset start channel number
|
||||||
|
\returns OK or FAIL if it could not write the file or data=NULL
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int writeDataFile(ofstream &outfile,int nch, short int *data, int offset=0){ \
|
||||||
|
if (data==NULL) return slsDetectorDefs::FAIL; \
|
||||||
|
for (int ichan=0; ichan<nch; ichan++) outfile << ichan+offset << " " << *(data+ichan) << std::endl; \
|
||||||
|
return slsDetectorDefs::OK; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
reads a data file
|
||||||
|
\param nch number of channels
|
||||||
|
\param fname of the file to be read
|
||||||
|
\param data array of data values to be filled
|
||||||
|
\param err array of arrors on the data. If NULL no errors are expected on the file
|
||||||
|
\param ang array of angular values. If NULL data are expected in the form chan-val(-err) otherwise ang-val(-err)
|
||||||
|
\param dataformat format of the data: can be 'i' integer or 'f' double (default)
|
||||||
|
\returns number of channels read or -1 if it could not read the file or data=NULL
|
||||||
|
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int readDataFile(int nch, string fname, double *data, double *err=NULL, double *ang=NULL, char dataformat='f') { \
|
||||||
|
ifstream infile; \
|
||||||
|
int iline=0; \
|
||||||
|
int maxchans; \
|
||||||
|
string str; \
|
||||||
|
maxchans=nch; \
|
||||||
|
infile.open(fname.c_str(), ios_base::in); \
|
||||||
|
if (infile.is_open()) { \
|
||||||
|
iline=readDataFile(nch, infile, data, err, ang, dataformat, 0); \
|
||||||
|
infile.close(); \
|
||||||
|
} else { \
|
||||||
|
std::cout<< "Could not read file " << fname << std::endl; \
|
||||||
|
return -1; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
return iline; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
reads a data file
|
||||||
|
\param nch number of channels
|
||||||
|
\param infile input file stream
|
||||||
|
\param data array of data values to be filled
|
||||||
|
\param err array of arrors on the data. If NULL no errors are expected on the file
|
||||||
|
\param ang array of angular values. If NULL data are expected in the form chan-val(-err) otherwise ang-val(-err)
|
||||||
|
\param dataformat format of the data: can be 'i' integer or 'f' double (default)
|
||||||
|
\param offset start channel number
|
||||||
|
\returns number of channels read or -1 if it could not read the file or data=NULL
|
||||||
|
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int readDataFile(int nch, ifstream &infile, double *data, double *err=NULL, double *ang=NULL, char dataformat='f', int offset=0){ \
|
||||||
|
int ichan,iline=0; \
|
||||||
|
int interrupt=0; \
|
||||||
|
double fdata, ferr, fang; \
|
||||||
|
int maxchans; \
|
||||||
|
int ich; \
|
||||||
|
string str; \
|
||||||
|
maxchans=nch; \
|
||||||
|
while (infile.good() and interrupt==0) { \
|
||||||
|
getline(infile,str); \
|
||||||
|
istringstream ssstr(str); \
|
||||||
|
if (ang==NULL) { \
|
||||||
|
ssstr >> ichan >> fdata; \
|
||||||
|
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) { \
|
||||||
|
interrupt=1; \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
ich=iline; \
|
||||||
|
if (ichan<offset) \
|
||||||
|
continue; \
|
||||||
|
} else { \
|
||||||
|
ssstr >> fang >> fdata; \
|
||||||
|
ich=iline; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) { \
|
||||||
|
interrupt=1; \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
if (err) \
|
||||||
|
ssstr >> ferr; \
|
||||||
|
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) { \
|
||||||
|
interrupt=1; \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
if (ich<maxchans) { \
|
||||||
|
if (ang) { \
|
||||||
|
ang[ich]=fang; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
data[ich]=fdata; \
|
||||||
|
if (err) \
|
||||||
|
err[ich]=ferr; \
|
||||||
|
iline++; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
if (iline>=nch) { \
|
||||||
|
interrupt=1; \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
return iline; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
reads a raw data file
|
||||||
|
\param fname of the file to be read
|
||||||
|
\param data array of data values
|
||||||
|
\param nch number of channels
|
||||||
|
\returns OK or FAIL if it could not read the file or data=NULL
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int readDataFile(string fname, int *data, int nch) { \
|
||||||
|
ifstream infile; \
|
||||||
|
int iline=0; \
|
||||||
|
string str; \
|
||||||
|
infile.open(fname.c_str(), ios_base::in); \
|
||||||
|
if (infile.is_open()) { \
|
||||||
|
iline=readDataFile(infile, data, nch, 0); \
|
||||||
|
infile.close(); \
|
||||||
|
} else { \
|
||||||
|
std::cout<< "Could not read file " << fname << std::endl; \
|
||||||
|
return -1; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
return iline; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
reads a raw data file
|
||||||
|
\param infile input file stream
|
||||||
|
\param data array of data values
|
||||||
|
\param nch number of channels
|
||||||
|
\param offset start channel value
|
||||||
|
\returns OK or FAIL if it could not read the file or data=NULL
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int readDataFile(ifstream &infile, int *data, int nch, int offset) { \
|
||||||
|
int ichan, idata, iline=0; \
|
||||||
|
int interrupt=0; \
|
||||||
|
string str; \
|
||||||
|
while (infile.good() and interrupt==0) { \
|
||||||
|
getline(infile,str); \
|
||||||
|
istringstream ssstr(str); \
|
||||||
|
ssstr >> ichan >> idata; \
|
||||||
|
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) { \
|
||||||
|
interrupt=1; \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
if (iline<nch) { \
|
||||||
|
if (ichan>=offset) { \
|
||||||
|
data[iline]=idata; \
|
||||||
|
iline++; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
} else { \
|
||||||
|
interrupt=1; \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
return iline; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
reads a short int rawdata file
|
||||||
|
\param name of the file to be read
|
||||||
|
\param data array of data values
|
||||||
|
\param nch number of channels
|
||||||
|
\returns OK or FAIL if it could not read the file or data=NULL
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int readDataFile(string fname, short int *data, int nch){ \
|
||||||
|
ifstream infile; \
|
||||||
|
int iline=0; \
|
||||||
|
string str; \
|
||||||
|
infile.open(fname.c_str(), ios_base::in); \
|
||||||
|
if (infile.is_open()) { \
|
||||||
|
iline=readDataFile(infile, data, nch, 0); \
|
||||||
|
infile.close(); \
|
||||||
|
} else { \
|
||||||
|
std::cout<< "Could not read file " << fname << std::endl; \
|
||||||
|
return -1; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
return iline; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
reads a short int raw data file
|
||||||
|
\param infile input file stream
|
||||||
|
\param data array of data values
|
||||||
|
\param nch number of channels
|
||||||
|
\param offset start channel value
|
||||||
|
\returns OK or FAIL if it could not read the file or data=NULL
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
static int readDataFile(ifstream &infile, short int *data, int nch, int offset) { \
|
||||||
|
int ichan, iline=0; \
|
||||||
|
short int idata; \
|
||||||
|
int interrupt=0; \
|
||||||
|
string str; \
|
||||||
|
while (infile.good() and interrupt==0) { \
|
||||||
|
getline(infile,str); \
|
||||||
|
istringstream ssstr(str); \
|
||||||
|
ssstr >> ichan >> idata; \
|
||||||
|
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) { \
|
||||||
|
interrupt=1; \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
if (iline<nch) { \
|
||||||
|
if (ichan>=offset) { \
|
||||||
|
data[iline]=idata; \
|
||||||
|
iline++; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
} else { \
|
||||||
|
interrupt=1; \
|
||||||
|
break; \
|
||||||
|
} \
|
||||||
|
return iline; \
|
||||||
|
}; \
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
Loading…
x
Reference in New Issue
Block a user