mirror of
https://github.com/slsdetectorgroup/slsDetectorPackage.git
synced 2025-06-11 12:27:14 +02:00
File_IO added
git-svn-id: file:///afs/psi.ch/project/sls_det_software/svn/slsDetectorSoftware@207 951219d9-93cf-4727-9268-0efd64621fa3
This commit is contained in:
ramani_n
648
slsDetectorSoftware/slsDetectorAnalysis/FileIO_Standalone.cpp
Normal file
648
slsDetectorSoftware/slsDetectorAnalysis/FileIO_Standalone.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,648 @@
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||||
#include "FileIO_Standalone.h"
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
string fileIO::createFileName(char *filepath, char *filename, int aMask, double sv0, int prec0, double sv1, int prec1, int pindex, int npos, int findex) {
|
||||
ostringstream osfn;
|
||||
// string fn;
|
||||
/*directory name +root file name */
|
||||
osfn << filepath << "/" << filename;
|
||||
|
||||
// cout << osfn.str() << endl;
|
||||
|
||||
// scan level 0
|
||||
if ( aMask& (1 << (MAX_ACTIONS)))
|
||||
osfn << "_S" << fixed << setprecision(prec0) << sv0;
|
||||
|
||||
//cout << osfn.str() << endl;
|
||||
|
||||
//scan level 1
|
||||
if (aMask & (1 << (MAX_ACTIONS+1)))
|
||||
osfn << "_s" << fixed << setprecision(prec1) << sv1;
|
||||
|
||||
//cout << osfn.str() << endl;
|
||||
|
||||
|
||||
//position
|
||||
if (pindex>0 && pindex<=npos)
|
||||
osfn << "_p" << pindex;
|
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|
||||
//cout << osfn.str() << endl;
|
||||
|
||||
// file index
|
||||
osfn << "_" << findex;
|
||||
|
||||
//cout << osfn.str() << endl;
|
||||
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "created file name " << osfn.str() << endl;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
//cout << osfn.str() << endl;
|
||||
//fn=oosfn.str()sfn.str();
|
||||
return osfn.str();
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/* I/O */
|
||||
|
||||
/* generates file name without extension*/
|
||||
|
||||
string fileIO::createFileName(int aMask, double sv0, int prec0, double sv1, int prec1, int pindex, int npos) {
|
||||
currentFileName=createFileName(filePath, \
|
||||
fileName, \
|
||||
aMask, \
|
||||
sv0, \
|
||||
prec0, \
|
||||
sv1, \
|
||||
prec1, \
|
||||
pindex, \
|
||||
npos, \
|
||||
*fileIndex \
|
||||
);
|
||||
return currentFileName;
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
int fileIO::getFileIndexFromFileName(string fname) {
|
||||
int i;
|
||||
size_t dot=fname.rfind(".");
|
||||
if (dot==string::npos)
|
||||
return -1;
|
||||
size_t uscore=fname.rfind("_");
|
||||
if (uscore==string::npos)
|
||||
return -1;
|
||||
|
||||
if (sscanf( fname.substr(uscore+1,dot-uscore-1).c_str(),"%d",&i)) {
|
||||
|
||||
return i;
|
||||
}
|
||||
//#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "******************************** cannot parse file index" << endl;
|
||||
//#endif
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
int fileIO::getVariablesFromFileName(string fname, int &index, int &p_index, double &sv0, double &sv1) {
|
||||
|
||||
int i;
|
||||
double f;
|
||||
string s;
|
||||
|
||||
|
||||
index=-1;
|
||||
p_index=-1;
|
||||
sv0=-1;
|
||||
sv1=-1;
|
||||
|
||||
|
||||
// size_t dot=fname.rfind(".");
|
||||
//if (dot==string::npos)
|
||||
// return -1;
|
||||
size_t uscore=fname.rfind("_");
|
||||
if (uscore==string::npos)
|
||||
return -1;
|
||||
s=fname;
|
||||
|
||||
//if (sscanf(s.substr(uscore+1,dot-uscore-1).c_str(),"%d",&i)) {
|
||||
if (sscanf(s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"%d",&i)) {
|
||||
index=i;
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "******************************** file index is " << index << endl;
|
||||
#endif
|
||||
//return i;
|
||||
s=fname.substr(0,uscore);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
cout << "******************************** cannot parse file index" << endl;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << s << endl;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
|
||||
uscore=s.rfind("_");
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
if (sscanf( s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"p%d",&i)) {
|
||||
p_index=i;
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "******************************** position index is " << p_index << endl;
|
||||
#endif
|
||||
s=fname.substr(0,uscore);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
cout << "******************************** cannot parse position index" << endl;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << s << endl;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
uscore=s.rfind("_");
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
if (sscanf( s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"s%f",&f)) {
|
||||
sv1=f;
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "******************************** scan variable 1 is " << sv1 << endl;
|
||||
#endif
|
||||
s=fname.substr(0,uscore);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
cout << "******************************** cannot parse scan varable 1" << endl;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << s << endl;
|
||||
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
uscore=s.rfind("_");
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
if (sscanf( s.substr(uscore+1,s.size()-uscore-1).c_str(),"S%f",&f)) {
|
||||
sv0=f;
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "******************************** scan variable 0 is " << sv0 << endl;
|
||||
#endif
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
cout << "******************************** cannot parse scan varable 0" << endl;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
return index;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
int fileIO::writeDataFile(string fname, int nch, double *data, double *err, double *ang, char dataformat){
|
||||
|
||||
|
||||
ofstream outfile;
|
||||
// int idata;
|
||||
if (data==NULL)
|
||||
return FAIL;
|
||||
|
||||
// args|=0x10; // one line per channel!
|
||||
|
||||
outfile.open (fname.c_str(),ios_base::out);
|
||||
if (outfile.is_open())
|
||||
{
|
||||
writeDataFile(outfile, nch, data, err, ang, dataformat, 0);
|
||||
outfile.close();
|
||||
return OK;
|
||||
} else {
|
||||
std::cout<< "Could not open file " << fname << "for writing"<< std::endl;
|
||||
return FAIL;
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, int nch, double *data, double *err, double *ang, char dataformat, int offset){
|
||||
|
||||
|
||||
int idata;
|
||||
if (data==NULL)
|
||||
return FAIL;
|
||||
|
||||
// args|=0x10; // one line per channel!
|
||||
|
||||
|
||||
for (int ichan=0; ichan<nch; ichan++) {
|
||||
if (ang==NULL) {
|
||||
outfile << ichan+offset << " ";
|
||||
} else {
|
||||
outfile << ang[ichan] << " ";
|
||||
}
|
||||
|
||||
switch (dataformat) {
|
||||
case 'f':
|
||||
outfile << *(data+ichan)<< " ";
|
||||
break;
|
||||
case 'i':
|
||||
default:
|
||||
idata=(int)(*(data+ichan));
|
||||
outfile << idata << " ";
|
||||
}
|
||||
if (err) {
|
||||
outfile << *(err+ichan)<< " ";
|
||||
}
|
||||
// if (args&0x10) {
|
||||
outfile << std::endl;
|
||||
// }
|
||||
}
|
||||
|
||||
return OK;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
/*writes raw data file */
|
||||
int fileIO::writeDataFile(string fname, int nch, int *data){
|
||||
ofstream outfile;
|
||||
if (data==NULL)
|
||||
return FAIL;
|
||||
|
||||
outfile.open (fname.c_str(),ios_base::out);
|
||||
if (outfile.is_open())
|
||||
{
|
||||
writeDataFile(outfile, nch, data, 0);
|
||||
outfile.close();
|
||||
return OK;
|
||||
} else {
|
||||
std::cout<< "Could not open file " << fname << "for writing"<< std::endl;
|
||||
return FAIL;
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
/*writes raw data file */
|
||||
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, int nch, int *data, int offset){
|
||||
if (data==NULL)
|
||||
return FAIL;
|
||||
|
||||
for (int ichan=0; ichan<nch; ichan++)
|
||||
outfile << ichan+offset << " " << *(data+ichan) << std::endl;
|
||||
|
||||
return OK;
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
/*writes raw data file */
|
||||
int fileIO::writeDataFile(string fname, int nch, short int *data){
|
||||
ofstream outfile;
|
||||
if (data==NULL)
|
||||
return FAIL;
|
||||
|
||||
outfile.open (fname.c_str(),ios_base::out);
|
||||
if (outfile.is_open())
|
||||
{
|
||||
writeDataFile(outfile, nch, data, 0);
|
||||
outfile.close();
|
||||
return OK;
|
||||
} else {
|
||||
std::cout<< "Could not open file " << fname << "for writing"<< std::endl;
|
||||
return FAIL;
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
/*writes raw data file */
|
||||
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, int nch, short int *data, int offset){
|
||||
if (data==NULL)
|
||||
return FAIL;
|
||||
|
||||
for (int ichan=0; ichan<nch; ichan++)
|
||||
outfile << ichan+offset << " " << *(data+ichan) << std::endl;
|
||||
|
||||
return OK;
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
int fileIO::readDataFile(int nch, string fname, double *data, double *err, double *ang, char dataformat){
|
||||
|
||||
|
||||
ifstream infile;
|
||||
int iline=0;//ichan,
|
||||
//int interrupt=0;
|
||||
//double fdata, ferr, fang;
|
||||
int maxchans;
|
||||
//int ich;
|
||||
string str;
|
||||
|
||||
|
||||
maxchans=nch;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
std::cout<< "Opening file "<< fname << std::endl;
|
||||
#endif
|
||||
infile.open(fname.c_str(), ios_base::in);
|
||||
if (infile.is_open()) {
|
||||
iline=readDataFile(nch, infile, data, err, ang, dataformat, 0);
|
||||
infile.close();
|
||||
} else {
|
||||
std::cout<< "Could not read file " << fname << std::endl;
|
||||
return -1;
|
||||
}
|
||||
return iline;
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
int fileIO::readDataFile(int nch, ifstream &infile, double *data, double *err, double *ang, char dataformat, int offset){
|
||||
|
||||
|
||||
int ichan,iline=0;
|
||||
int interrupt=0;
|
||||
double fdata, ferr, fang;
|
||||
int maxchans;
|
||||
int ich;
|
||||
string str;
|
||||
|
||||
|
||||
maxchans=nch;
|
||||
|
||||
|
||||
while (infile.good() and interrupt==0) {
|
||||
getline(infile,str);
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
std::cout<< str << std::endl;
|
||||
#endif
|
||||
istringstream ssstr(str);
|
||||
if (ang==NULL) {
|
||||
ssstr >> ichan >> fdata;
|
||||
//ich=ichan;
|
||||
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) {
|
||||
interrupt=1;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
// if (ich!=iline)
|
||||
// std::cout<< "Channel number " << ichan << " does not match with line number " << iline << " " << dataformat << std::endl;
|
||||
ich=iline;
|
||||
if (ichan<offset)
|
||||
continue;
|
||||
} else {
|
||||
ssstr >> fang >> fdata;
|
||||
ich=iline;
|
||||
}
|
||||
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) {
|
||||
interrupt=1;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
if (err)
|
||||
ssstr >> ferr;
|
||||
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) {
|
||||
interrupt=1;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
if (ich<maxchans) {
|
||||
if (ang) {
|
||||
ang[ich]=fang;
|
||||
}
|
||||
data[ich]=fdata;
|
||||
if (err)
|
||||
err[ich]=ferr;
|
||||
iline++;
|
||||
} // else {
|
||||
// std::cout<< " too many lines in file: "<< iline << " instead of " << maxchans << std::endl;
|
||||
// interrupt=1;
|
||||
// break;
|
||||
// }
|
||||
if (iline>=nch) {
|
||||
interrupt=1;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return iline;
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
int fileIO::readDataFile(string fname, int *data, int nch){
|
||||
|
||||
ifstream infile;
|
||||
int iline=0;//ichan, idata,
|
||||
//int interrupt=0;
|
||||
string str;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
std::cout<< "Opening file "<< fname << std::endl;
|
||||
#endif
|
||||
infile.open(fname.c_str(), ios_base::in);
|
||||
if (infile.is_open()) {
|
||||
iline=readDataFile(infile, data, nch, 0);
|
||||
infile.close();
|
||||
} else {
|
||||
std::cout<< "Could not read file " << fname << std::endl;
|
||||
return -1;
|
||||
}
|
||||
return iline;
|
||||
};
|
||||
|
||||
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, int *data, int nch, int offset){
|
||||
|
||||
int ichan, idata, iline=0;
|
||||
int interrupt=0;
|
||||
string str;
|
||||
|
||||
|
||||
while (infile.good() and interrupt==0) {
|
||||
getline(infile,str);
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
std::cout<< str << std::endl;
|
||||
#endif
|
||||
istringstream ssstr(str);
|
||||
ssstr >> ichan >> idata;
|
||||
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) {
|
||||
interrupt=1;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
// if (ichan!=iline) {
|
||||
// std::cout<< " Expected channel "<< iline <<" but read channel "<< ichan << std::endl;
|
||||
// interrupt=1;
|
||||
// break;
|
||||
// } else {
|
||||
if (iline<nch) {
|
||||
if (ichan>=offset) {
|
||||
data[iline]=idata;
|
||||
iline++;
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
interrupt=1;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
// }
|
||||
}
|
||||
return iline;
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
int fileIO::readDataFile(string fname, short int *data, int nch){
|
||||
|
||||
ifstream infile;
|
||||
int iline=0;//ichan,
|
||||
//int interrupt=0;
|
||||
string str;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
std::cout<< "Opening file "<< fname << std::endl;
|
||||
#endif
|
||||
infile.open(fname.c_str(), ios_base::in);
|
||||
if (infile.is_open()) {
|
||||
iline=readDataFile(infile, data, nch, 0);
|
||||
infile.close();
|
||||
} else {
|
||||
std::cout<< "Could not read file " << fname << std::endl;
|
||||
return -1;
|
||||
}
|
||||
return iline;
|
||||
};
|
||||
|
||||
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, short int *data, int nch, int offset){
|
||||
|
||||
int ichan, iline=0;
|
||||
short int idata;
|
||||
int interrupt=0;
|
||||
string str;
|
||||
while (infile.good() and interrupt==0) {
|
||||
getline(infile,str);
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
;//std::cout<< str << std::endl;
|
||||
#endif
|
||||
istringstream ssstr(str);
|
||||
ssstr >> ichan >> idata;
|
||||
if (ssstr.fail() || ssstr.bad()) {
|
||||
interrupt=1;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
// if (ichan!=iline) {
|
||||
// std::cout<< " Expected channel "<< iline <<" but read channel "<< ichan << std::endl;
|
||||
// interrupt=1;
|
||||
// break;
|
||||
// } else {
|
||||
if (iline<nch) {
|
||||
if (ichan>=offset) {
|
||||
data[iline]=idata;
|
||||
iline++;
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
interrupt=1;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
// }
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
;//std::cout<< "read " << iline <<" channels " << std::endl;
|
||||
#endif
|
||||
}
|
||||
return iline;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
/*writes raw data file */
|
||||
|
||||
int fileIO::writeDataFile(string fname, double *data, double *err, double *ang, char dataformat, int nch){
|
||||
if (nch==-1)
|
||||
nch=getTotalNumberofChannels();//getTotalNumberOfChannels();
|
||||
|
||||
return writeDataFile(fname, nch, data, err, ang, dataformat);
|
||||
|
||||
}
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int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, double *data, double *err, double *ang, char dataformat, int nch, int offset){
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if (nch==-1)
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nch=getTotalNumberofChannels();
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return writeDataFile(outfile, nch, data, err, ang, dataformat, offset);
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}
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int fileIO::writeDataFile(string fname, int *data){
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return writeDataFile(fname, getTotalNumberofChannels(), data);
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}
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||||
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||||
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, int *data, int offset){
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||||
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return writeDataFile(outfile, getTotalNumberofChannels(), data, offset);
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}
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int fileIO::writeDataFile(string fname, short int *data){
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return writeDataFile(fname, getTotalNumberofChannels(), data);
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}
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||||
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||||
int fileIO::writeDataFile(ofstream &outfile, short int *data, int offset){
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return writeDataFile(outfile,getTotalNumberofChannels() , data, offset);
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||||
}
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||||
int fileIO::readDataFile(string fname, double *data, double *err, double *ang, char dataformat) {
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return readDataFile(getTotalNumberofChannels(), fname, data, err, ang, dataformat);
|
||||
|
||||
}
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||||
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||||
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, double *data, double *err, double *ang, char dataformat, int offset) {
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||||
return readDataFile(getTotalNumberofChannels(), infile, data, err, ang, dataformat, offset);
|
||||
|
||||
}
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||||
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||||
int fileIO::readDataFile(string fname, int *data){
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||||
return readDataFile(fname, data, getTotalNumberofChannels());
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||||
};
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||||
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int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, int *data, int offset){
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|
||||
return readDataFile(infile, data, getTotalNumberofChannels(), offset);
|
||||
};
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||||
|
||||
int fileIO::readDataFile(string fname, short int *data){
|
||||
|
||||
return readDataFile(fname, data, getTotalNumberofChannels());
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
int fileIO::readDataFile(ifstream &infile, short int *data, int offset){
|
||||
|
||||
return readDataFile(infile, data, getTotalNumberofChannels(),offset);
|
||||
};
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||||
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