mirror of
https://github.com/slsdetectorgroup/slsDetectorPackage.git
synced 2025-06-13 05:17:13 +02:00
postprocessing based on external functions - can work with f90 interface
git-svn-id: file:///afs/psi.ch/project/sls_det_software/svn/slsDetectorSoftware@285 951219d9-93cf-4727-9268-0efd64621fa3
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bergamaschi
438
slsDetectorSoftware/slsDetectorAnalysis/postProcessingFuncs.cpp
Normal file
438
slsDetectorSoftware/slsDetectorAnalysis/postProcessingFuncs.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,438 @@
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#include "postProcessingFuncs.h"
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#include "angleConversionConstant.h"
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||||
postProcessingFuncs::postProcessingFuncs(int *nModules,int *chPerMod,int modMask[],int badCh[], double ffcoeff[], double fferr[], double* t, int *dir, double angRadius[], double angOffset[], double angCentre[], double* to, double* bs, double *sX, double *sY):
|
||||
nMods(0), chansPerMod(NULL), moduleMask(NULL), badChannelMask(NULL), ffCoeff(NULL), ffErr(NULL), tDead(0), angDir(1), angConv(NULL), totalOffset(0), binSize(0), sampleX(0), sampleY(0), totalChans(0), nBins(0), mp(NULL), mv(NULL), me(NULL), mm(NULL)
|
||||
{
|
||||
initDataset(nModules, chPerMod,modMask,badCh, ffcoeff, fferr, t, dir, angRadius, angOffset, angCentre, to, bs, sX, sY);
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}
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||||
int postProcessingFuncs::initDataset() {
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if (nBins) {
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mp=new double[nBins];
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mv=new double[nBins];
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||||
me=new double[nBins];
|
||||
mm=new int[nBins];
|
||||
resetMerging(mp,mv,me,mm, nBins);
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} else {
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mv=new double[totalChans];
|
||||
me=new double[totalChans];
|
||||
}
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totalI0=0;
|
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return 0;
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}
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int postProcessingFuncs::finalizeDataset(double *ang, double *val, double *err, int *np) {
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if (nBins)
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*np=finalizeMerging(mp,mv,me,mm,nBins);
|
||||
else
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*np=totalChans;
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if (totalI0<=0)
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totalI0=1.;
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for (int ip=0; ip<(*np); ip++) {
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if (mp)
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ang[ip]=mp[ip];
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if (mv)
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val[ip]=mv[ip]*totalI0;
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if (me)
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err[ip]=me[ip]*totalI0;
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}
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if (mp)
|
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delete [] mp;
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if (mv)
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delete [] mv;
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if (me)
|
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delete [] me;
|
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if (mm)
|
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delete [] mm;
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return 0;
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}
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int postProcessingFuncs::addFrame(double *data, double *pos, double *I0, double *expTime, const char *filename, int *var) {
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double p1, vin, ein, vout, eout;
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double e=0.;
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double i0=*I0;
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if (i0>0)
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totalI0+=i0;
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for (int ich=0; ich<totalChans; ich++) {
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vin=data[ich];
|
||||
ein=0;
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vout=data[ich];
|
||||
if (vout>=0)
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eout=sqrt(vout);
|
||||
else
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||||
eout=0;
|
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//ratecorrect
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if (tDead) {
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rateCorrect(vin, ein, vout, eout, tDead, *expTime);
|
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vin=vout;
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ein=eout;
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}
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||||
//ffcorrect
|
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if (ffCoeff) {
|
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if (ffErr)
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||||
e=ffErr[ich];
|
||||
else
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||||
e=0;
|
||||
flatFieldCorrect(vin, ein, vout, eout, ffCoeff[ich], e);
|
||||
}
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|
||||
|
||||
//i0correct
|
||||
if (i0>0) {
|
||||
vout/=i0;
|
||||
eout/=i0;
|
||||
}
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||||
|
||||
if (badChannelMask)
|
||||
if (badChannelMask[ich])
|
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continue;
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if (nBins) {
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//angconv
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//check module mask?!?!?!?
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p1=convertAngle(*pos,ich,chansPerMod,angConv,moduleMask,totalOffset,0,angDir);
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||||
addPointToMerging(p1,vout,eout,mp,mv,me,mm, binSize, nBins);
|
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} else {
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mv[ich]+=vout;
|
||||
me[ich]+=eout*eout;
|
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}
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}
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|
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}
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||||
int postProcessingFuncs::initDataset(int *nModules,int *chPerMod,int modMask[],int badCh[], double ffcoeff[], double fferr[], double* t, int *dir, double angRadius[], double angOffset[], double angCenter[], double* to, double* bs, double *sX, double *sY) {
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "delete pointers " << endl;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
deletePointers();
|
||||
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "nmod " << endl;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
if (nModules)
|
||||
nMods=*nModules;
|
||||
else
|
||||
nMods=0;
|
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#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "tdead " << endl;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
if (t)
|
||||
tDead=*t;
|
||||
else
|
||||
t=0;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "toffset " << endl;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
if (to)
|
||||
totalOffset=*to;
|
||||
else
|
||||
to=0;
|
||||
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||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "binsize " << endl;
|
||||
#endif
|
||||
if (bs)
|
||||
binSize=*bs;
|
||||
else
|
||||
binSize=0;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "samplex " << endl;
|
||||
#endif
|
||||
if (sX)
|
||||
sampleX=*sX;
|
||||
else
|
||||
sampleX=0;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "sampley " << endl;
|
||||
#endif
|
||||
if (sY)
|
||||
sampleY=*sY;
|
||||
else
|
||||
sampleY=0;
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "angdir " << endl;
|
||||
#endif
|
||||
if (dir)
|
||||
angDir=*dir;
|
||||
else
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||||
angDir=1;
|
||||
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||||
totalChans=0;
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||||
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||||
chansPerMod=new int [nMods];
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||||
|
||||
|
||||
moduleMask=new int [nMods];
|
||||
|
||||
nBins=0;
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||||
if (angRadius && angOffset && angCenter && (binSize>0)) {
|
||||
angConv=new angleConversionConstant*[nMods];
|
||||
nBins=360./binSize+1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (int im=0; im<nMods; im++) {
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "MODULE "<< im << endl;
|
||||
#endif
|
||||
chansPerMod[im]=chPerMod[im];
|
||||
moduleMask[im]=modMask[im];
|
||||
totalChans+=chansPerMod[im];
|
||||
|
||||
if (angConv) {
|
||||
angConv[im]=new angleConversionConstant(angCenter[im], angRadius[im], angOffset[im], 0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "badchans " << endl;
|
||||
#endif
|
||||
if (badCh)
|
||||
badChannelMask= new int[totalChans];
|
||||
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "ffcoeff " << endl;
|
||||
#endif
|
||||
if (ffcoeff)
|
||||
ffCoeff=new double[totalChans];
|
||||
|
||||
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
cout << "fferr " << endl;
|
||||
#endif
|
||||
if (fferr)
|
||||
ffErr=new double[totalChans];
|
||||
|
||||
|
||||
for (int ich=0; ich<totalChans; ich++) {
|
||||
if (badChannelMask)
|
||||
badChannelMask[ich]=badCh[ich];
|
||||
if (ffCoeff)
|
||||
ffCoeff[ich]=ffcoeff[ich];
|
||||
if (ffErr)
|
||||
ffErr[ich]=fferr[ich];
|
||||
}
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
|
||||
}
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||||
void postProcessingFuncs::deletePointers() {
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||||
delete [] chansPerMod;
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||||
delete [] moduleMask;
|
||||
if (badChannelMask)
|
||||
delete [] badChannelMask;
|
||||
|
||||
if (ffCoeff)
|
||||
delete [] ffCoeff;
|
||||
|
||||
if (ffErr)
|
||||
delete [] ffErr;
|
||||
|
||||
if (angConv) {
|
||||
for (int im=0; im<nMods; im++) {
|
||||
if (angConv[im])
|
||||
delete angConv[im];
|
||||
}
|
||||
delete [] angConv;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
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||||
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||||
postProcessingFuncs::~postProcessingFuncs(){
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||||
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||||
deletePointers();
|
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}
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||||
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||||
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||||
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||||
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||||
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||||
|
||||
int postProcessingFuncs::flatFieldCorrect(double datain, double errin, double &dataout, double &errout, double ffcoefficient, double fferr){
|
||||
double e;
|
||||
|
||||
dataout=datain*ffcoefficient;
|
||||
|
||||
if (errin==0 && datain>=0)
|
||||
e=sqrt(datain);
|
||||
else
|
||||
e=errin;
|
||||
|
||||
if (dataout>0)
|
||||
errout=sqrt(e*ffcoefficient*e*ffcoefficient+datain*fferr*datain*fferr);
|
||||
else
|
||||
errout=1.0;
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
int postProcessingFuncs::rateCorrect(double datain, double errin, double &dataout, double &errout, double tau, double t){
|
||||
|
||||
// double data;
|
||||
double e;
|
||||
|
||||
dataout=(datain*exp(tau*datain/t));
|
||||
|
||||
if (errin==0 && datain>=0)
|
||||
e=sqrt(datain);
|
||||
else
|
||||
e=errin;
|
||||
|
||||
if (dataout>0)
|
||||
errout=e*dataout*sqrt((1/(datain*datain)+tau*tau/(t*t)));
|
||||
else
|
||||
errout=1.;
|
||||
return 0;
|
||||
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
int postProcessingFuncs::calculateFlatField(int* nModules, int *chPerMod, int *moduleMask, int *badChannelMask, double *ffData, double *ffCoeff, double *ffErr) {
|
||||
int nmed=0, im=0;
|
||||
double *xmed;
|
||||
|
||||
if (chPerMod==NULL)
|
||||
return -1;
|
||||
// if (moduleMask==NULL)
|
||||
// return -1;
|
||||
if (ffData==NULL)
|
||||
return -1;
|
||||
|
||||
if (ffErr==NULL)
|
||||
return -1;
|
||||
|
||||
|
||||
int totch=0;
|
||||
for (int im=0; im<*nModules; im++) {
|
||||
totch+=chPerMod[im];
|
||||
}
|
||||
|
||||
xmed=new double[totch];
|
||||
|
||||
for (int ich=0; ich<totch; ich++) {
|
||||
|
||||
if (badChannelMask)
|
||||
if (badChannelMask[ich])
|
||||
continue;
|
||||
// calculate median if ffData is positive and channel is good
|
||||
|
||||
if (ffData[ich]>0) {
|
||||
im=0;
|
||||
while ((im<nmed) && (xmed[im]<ffData[ich]))
|
||||
im++;
|
||||
for (int i=nmed; i>im; i--)
|
||||
xmed[i]=xmed[i-1];
|
||||
|
||||
xmed[im]=ffData[ich];
|
||||
nmed++;
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
if (nmed>1 && xmed[nmed/2]>0) {
|
||||
#ifdef VERBOSE
|
||||
std::cout<< "Flat field median is " << xmed[nmed/2] << " calculated using "<< nmed << " points" << std::endl;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
for (int ich=0; ich<totch; ich++) {
|
||||
if (badChannelMask)
|
||||
if (badChannelMask[ich]) {
|
||||
ffCoeff[ich]=0.;
|
||||
ffErr[ich]=1.;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
if (ffData[ich]>0) {
|
||||
ffCoeff[ich]=xmed[nmed/2]/ffData[ich];
|
||||
ffErr[ich]=ffCoeff[ich]*sqrt(ffData[ich])/ffData[ich];
|
||||
} else {
|
||||
ffCoeff[ich]=0.;
|
||||
ffErr[ich]=1.;
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
delete [] xmed;
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
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||||
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