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Before Width: | Height: | Size: 836 B After Width: | Height: | Size: 29 B |
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trimsp/src/TrimSPGUI4/PlotFraction.png
Symbolic link
1
trimsp/src/TrimSPGUI4/PlotFraction.png
Symbolic link
@@ -0,0 +1 @@
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../TrimSPGUI/PlotFraction.png
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Before Width: | Height: | Size: 836 B After Width: | Height: | Size: 29 B |
Binary file not shown.
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Before Width: | Height: | Size: 841 B After Width: | Height: | Size: 29 B |
1
trimsp/src/TrimSPGUI4/PlotProfiles.png
Symbolic link
1
trimsp/src/TrimSPGUI4/PlotProfiles.png
Symbolic link
@@ -0,0 +1 @@
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|||||||
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../TrimSPGUI/PlotProfiles.png
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Before Width: | Height: | Size: 841 B After Width: | Height: | Size: 29 B |
@@ -1,232 +0,0 @@
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// File: plotFrc.C
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// Author: Zaher Salman
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// Date: 11/01/2012
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// Purpose: ROOT macro to read and plot implantation fractions in layers from trimsp calculation
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// Assume following file Format:
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//
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// $Id$
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//
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// Energy SigmaE Alpha SigAlpha ntot imp backsc trans tried negE impL1 impL2 impL3 impL4 impL5 impL6 impL7 range straggeling Eback sigEback Etrans SigEtrans red. E PRC
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// 15.00 0.45 0.00 15.00 100000 98362 1638 0 100000 0 98362 0 0 0 0 0 0 0.6664E+03 0.1799E+03 0.4980E+04 0.4250E+04 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00 0.0000E+00
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// plotFrc(file_name)
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void plotFrc(char *FileName)
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{
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TObjString *ostr;
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TString str,xlab,ylab;
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TString line, label, treeLabel;
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TString rootFileName;
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TObjArray *token,*labels;
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TObjString *strtoken;
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Int_t nPars = 0;
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Int_t ntokens = 0;
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Int_t i = 0;
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Int_t nline=0;
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Int_t intNorm=0;
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Ssiz_t pos;
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Double_t x[100],yl1[100],yl2[100],yl3[100],yl4[100],yl5[100],yl6[100],yl7[100],bck[100];
|
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||||||
Int_t Flag[7]=0;
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FILE *fp = fopen(FileName,"r");
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if ( fp == NULL ){
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printf("File %s does not exist!\n", FileName);
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return;
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}
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while (line.Gets(fp)){
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if ( nline==0 ){
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// First line, get data labels
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nline++;
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labels = line.Tokenize(" ");
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ntokens = labels->GetEntries();
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nPars=ntokens;
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ostr = dynamic_cast<TObjString*>(labels->At(0));
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xlab = ostr->GetString();
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ylab = ostr->GetString();
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} else {
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token = line.Tokenize(" ");
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ntokens = token->GetEntries();
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||||||
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strtoken = (TObjString*) token->At(0);
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label = strtoken->GetName();
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x[i] = label.Atof();
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// Plot all layers for now. Maybe stop when sum is zero in the future
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// Layers start from column # 10 up to 16.
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// for (col=10;col<17;col++) {
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strtoken = (TObjString*) token->At(6);
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||||||
label = strtoken->GetName();
|
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||||||
bck[i] = label.Atof();
|
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||||||
if (bck[i]>0) {
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||||||
Flag[7]=1;
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||||||
intNorm = intNorm++;
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||||||
}
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||||||
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||||||
strtoken = (TObjString*) token->At(10);
|
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||||||
label = strtoken->GetName();
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||||||
yl1[i] = label.Atof();
|
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||||||
if (yl1[i]>0) {
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||||||
Flag[0]=1;
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||||||
intNorm = intNorm++;
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||||||
}
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||||||
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||||||
strtoken = (TObjString*) token->At(11);
|
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||||||
label = strtoken->GetName();
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||||||
yl2[i] = label.Atof();
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||||||
if (yl2[i]>0) {
|
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||||||
Flag[1]=1;
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||||||
intNorm = intNorm++;
|
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||||||
}
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||||||
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||||||
strtoken = (TObjString*) token->At(12);
|
|
||||||
label = strtoken->GetName();
|
|
||||||
yl3[i] = label.Atof();
|
|
||||||
if (yl3[i]>0) {
|
|
||||||
Flag[2]=1;
|
|
||||||
intNorm = intNorm++;
|
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||||||
}
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||||||
|
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||||||
strtoken = (TObjString*) token->At(13);
|
|
||||||
label = strtoken->GetName();
|
|
||||||
yl4[i] = label.Atof();
|
|
||||||
if (yl4[i]>0) {
|
|
||||||
Flag[3]=1;
|
|
||||||
intNorm = intNorm++;
|
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||||||
}
|
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||||||
|
|
||||||
strtoken = (TObjString*) token->At(14);
|
|
||||||
label = strtoken->GetName();
|
|
||||||
yl5[i] = label.Atof();
|
|
||||||
if (yl5[i]>0) {
|
|
||||||
Flag[4]=1;
|
|
||||||
intNorm = intNorm++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
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||||||
strtoken = (TObjString*) token->At(15);
|
|
||||||
label = strtoken->GetName();
|
|
||||||
yl6[i] = label.Atof();
|
|
||||||
if (yl6[i]>0) {
|
|
||||||
Flag[5]=1;
|
|
||||||
intNorm = intNorm++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
strtoken = (TObjString*) token->At(16);
|
|
||||||
label = strtoken->GetName();
|
|
||||||
yl7[i] = label.Atof();
|
|
||||||
if (yl7[i]>0) {
|
|
||||||
Flag[6]=1;
|
|
||||||
intNorm = intNorm++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
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||||||
//}
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||||||
|
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||||||
nline++;
|
|
||||||
i++;
|
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||||||
}
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||||||
}
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||||||
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||||||
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||||||
TCanvas *c = new TCanvas("c",str);
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||||||
c->Show();
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||||||
TLegend *legend = new TLegend(0.8, 0.8, 0.95, 0.95);
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||||||
legend->SetFillColor(TColor::GetColor(255,255,255)); // white
|
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||||||
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||||||
TMultiGraph *mg = new TMultiGraph();
|
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||||||
|
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||||||
if (Flag[0]==1){
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||||||
TGraph *gr1 = new TGraph(i-1,x,yl1);
|
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||||||
gr1->GetXaxis()->SetTitle(xlab);
|
|
||||||
gr1->GetYaxis()->SetTitle("Implanted Fraction");
|
|
||||||
// gr1->Draw("APC");
|
|
||||||
gr1->SetMarkerStyle(20);
|
|
||||||
gr1->SetMarkerColor(TColor::kRed);
|
|
||||||
gr1->SetLineColor(TColor::kRed);
|
|
||||||
legend->AddEntry(gr1,"Layer 1");
|
|
||||||
mg->Add(gr1);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Flag[1]==1){
|
|
||||||
TGraph *gr2 = new TGraph(i-1,x,yl2);
|
|
||||||
gr2->SetMarkerStyle(20);
|
|
||||||
gr2->SetMarkerColor(TColor::kGreen);
|
|
||||||
gr2->SetLineColor(TColor::kGreen);
|
|
||||||
// gr2->Draw("PC");
|
|
||||||
legend->AddEntry(gr2,"Layer 2");
|
|
||||||
mg->Add(gr2);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Flag[2]==1){
|
|
||||||
TGraph *gr3 = new TGraph(i-1,x,yl3);
|
|
||||||
gr3->SetMarkerStyle(20);
|
|
||||||
gr3->SetMarkerColor(TColor::kBlue);
|
|
||||||
gr3->SetLineColor(TColor::kBlue);
|
|
||||||
// gr3->Draw("PC");
|
|
||||||
legend->AddEntry(gr3,"Layer 3");
|
|
||||||
mg->Add(gr3);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Flag[3]==1){
|
|
||||||
TGraph *gr4 = new TGraph(i-1,x,yl4);
|
|
||||||
gr4->SetMarkerStyle(20);
|
|
||||||
gr4->SetMarkerColor(TColor::kMagenta);
|
|
||||||
gr4->SetLineColor(TColor::kMagenta);
|
|
||||||
// gr4->Draw("PC");
|
|
||||||
legend->AddEntry(gr4,"Layer 4");
|
|
||||||
mg->Add(gr4);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Flag[4]==1){
|
|
||||||
TGraph *gr5 = new TGraph(i-1,x,yl5);
|
|
||||||
gr5->SetMarkerStyle(20);
|
|
||||||
gr5->SetMarkerColor(TColor::kOrange);
|
|
||||||
gr5->SetLineColor(TColor::kOrange);
|
|
||||||
// gr5->Draw("PC");
|
|
||||||
legend->AddEntry(gr5,"Layer 5");
|
|
||||||
mg->Add(gr5);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Flag[5]==1){
|
|
||||||
TGraph *gr6 = new TGraph(i-1,x,yl6);
|
|
||||||
gr6->SetMarkerStyle(20);
|
|
||||||
gr6->SetMarkerColor(TColor::kViolet);
|
|
||||||
gr6->SetLineColor(TColor::kViolet);
|
|
||||||
// gr6->Draw("PC");
|
|
||||||
legend->AddEntry(gr6,"Layer 6");
|
|
||||||
mg->Add(gr6);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Flag[6]==1){
|
|
||||||
TGraph *gr7 = new TGraph(i-1,x,yl7);
|
|
||||||
gr7->SetMarkerStyle(20);
|
|
||||||
gr7->SetMarkerColor(TColor::kAzure+7);
|
|
||||||
gr7->SetLineColor(TColor::kAzure+7);
|
|
||||||
// gr7->Draw("PC");
|
|
||||||
legend->AddEntry(gr7,"Layer 7");
|
|
||||||
mg->Add(gr7);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Flag[7]==1){
|
|
||||||
TGraph *gr8 = new TGraph(i-1,x,bck);
|
|
||||||
gr8->SetMarkerStyle(20);
|
|
||||||
gr8->SetMarkerColor(TColor::kAzure+7);
|
|
||||||
gr8->SetLineColor(TColor::kAzure+7);
|
|
||||||
// gr8->Draw("PC");
|
|
||||||
legend->AddEntry(gr8,"Back Scat.");
|
|
||||||
mg->Add(gr8);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
mg->Draw("APC");
|
|
||||||
mg->GetXaxis()->SetTitle("Energy [keV]");
|
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||||||
mg->GetYaxis()->SetTitle("Implanted Particles");
|
|
||||||
legend->Draw();
|
|
||||||
|
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||||||
// I am not sure what this does, but it waits until canvas is closed
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||||||
c->WaitPrimitive(" ");
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||||||
cout << endl << "Canvas Closed" << endl ;
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||||||
|
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||||||
// Then quit root cleanly
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|
||||||
gApplication->Terminate();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
1
trimsp/src/TrimSPGUI4/plotFrc.C
Symbolic link
1
trimsp/src/TrimSPGUI4/plotFrc.C
Symbolic link
@@ -0,0 +1 @@
|
|||||||
|
../TrimSPGUI/plotFrc.C
|
||||||
@@ -1,182 +0,0 @@
|
|||||||
// File: plotRge.C
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||||||
// Author: Zaher Salman, originally by Andreas Suter
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// Date: 03/06/2009
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// Purpose: ROOT macro to read and plot Range data from trimsp calculation
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// Assume following file Format:
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//
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// $Id$
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||||||
//
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// DEPTH PARTICLES
|
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// 15. 260
|
|
||||||
// 45. 595
|
|
||||||
// 75. 820
|
|
||||||
// 105. 1179
|
|
||||||
//
|
|
||||||
// plotRge(names), e.g.
|
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||||||
// plotRge("InSne_E2500, InSne_E4000");
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||||||
// will read files
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||||||
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||||||
void plotRge(TString &names)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (names.CompareTo("help", TString::kIgnoreCase) == 0) {
|
|
||||||
cout << endl << "usage: plotRge(<names>) or plotRge(\"help\")";
|
|
||||||
cout << endl << " <names> is a list of rge-files";
|
|
||||||
cout << endl << endl;
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
TObjArray *tokens;
|
|
||||||
TObjString *ostr;
|
|
||||||
TString str;
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||||||
char cstr[128];
|
|
||||||
|
|
||||||
Int_t i, j;
|
|
||||||
Int_t nStep = 0;
|
|
||||||
Int_t nStepmax = 0;
|
|
||||||
Double_t *depth;
|
|
||||||
Double_t *nStop;
|
|
||||||
Double_t *depthmax;
|
|
||||||
Double_t *nStopmax;
|
|
||||||
Double_t norm;
|
|
||||||
Double_t intNorm;
|
|
||||||
Double_t normStop[1000];
|
|
||||||
Double_t normStopmax[1000];
|
|
||||||
|
|
||||||
TString pathname;
|
|
||||||
int sep;
|
|
||||||
TString path;
|
|
||||||
TString name,legtit;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Int_t col;
|
|
||||||
Int_t color[1000];
|
|
||||||
for (i=0; i<1000; i++)
|
|
||||||
color[i] = -1;
|
|
||||||
color[0] = TColor::kRed;
|
|
||||||
color[1] = TColor::kGreen;
|
|
||||||
color[2] = TColor::kBlue;
|
|
||||||
color[3] = TColor::kMagenta;
|
|
||||||
color[4] = TColor::kOrange;
|
|
||||||
color[5] = TColor::kViolet;
|
|
||||||
color[6] = TColor::kAzure+7;
|
|
||||||
color[7] = TColor::kOrange+4;
|
|
||||||
color[8] = TColor::kBlue-7;
|
|
||||||
|
|
||||||
TGraph *rge[1000];
|
|
||||||
|
|
||||||
TMultiGraph *mg = new TMultiGraph();
|
|
||||||
|
|
||||||
TLegend *legend = new TLegend(0.7, 0.7, 0.95, 0.95);
|
|
||||||
legend->SetFillColor(TColor::GetColor(255,255,255)); // white
|
|
||||||
|
|
||||||
tokens = names.Tokenize(" \t,;");
|
|
||||||
|
|
||||||
Double_t min = 0, max = 0, xmax = 0, xmin = 0;
|
|
||||||
Int_t imax;
|
|
||||||
|
|
||||||
// Loop over file names
|
|
||||||
for (i=0; i<tokens->GetEntries(); i++) {
|
|
||||||
ostr = dynamic_cast<TObjString*>(tokens->At(i));
|
|
||||||
str = ostr->GetString();
|
|
||||||
cout << endl << i << ": read " << str.Data();
|
|
||||||
|
|
||||||
TGraph *fileGraph = new TGraph(str);
|
|
||||||
if ( fileGraph->IsZombie() ){
|
|
||||||
cout << endl;
|
|
||||||
cout << "File " << str << " does not exist!!!" << endl << endl;
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
depth = fileGraph->GetX();
|
|
||||||
nStop = fileGraph->GetY();
|
|
||||||
nStep = fileGraph->GetN(); // Number of points in range
|
|
||||||
|
|
||||||
// calculate step size in nm (convert from AA)
|
|
||||||
norm = (depth[1] - depth[0])/10;
|
|
||||||
|
|
||||||
// intNorm is the total stopping particles
|
|
||||||
intNorm = 0.0;
|
|
||||||
for (j=0; j<nStep; j++) {
|
|
||||||
intNorm += nStop[j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
for (j=0; j<nStep; j++) {
|
|
||||||
// Calculate normalized stopping profile
|
|
||||||
if (norm > 0.) {
|
|
||||||
// devide original profile by (step size * total particles) in %
|
|
||||||
normStop[j] = 100*nStop[j]/(norm*intNorm);
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
normStop[j] = -1.;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
// rescale depth to nm
|
|
||||||
depth[j] = depth[j]/10.;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
rge[i] = new TGraph(nStep, depth, normStop);
|
|
||||||
if (color[i] >= 0) {
|
|
||||||
rge[i]->SetMarkerColor(color[i]);
|
|
||||||
rge[i]->SetLineColor(color[i]);
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
TRandom *rand = new TRandom(i);
|
|
||||||
col = TColor::GetColor((Int_t)rand->Integer(255),(Int_t)rand->Integer(255),(Int_t)rand->Integer(255));
|
|
||||||
rge[i]->SetMarkerColor(col);
|
|
||||||
rge[i]->SetLineColor(col);
|
|
||||||
delete rand;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
rge[i]->SetMarkerStyle(20);
|
|
||||||
|
|
||||||
mg->Add(rge[i]);
|
|
||||||
|
|
||||||
ostr = dynamic_cast<TObjString*>(tokens->At(i));
|
|
||||||
str = ostr->GetString() + ", ";
|
|
||||||
sprintf(cstr, "%.1lf", ostr->GetString().Atof() /1000.0);
|
|
||||||
str += cstr;
|
|
||||||
|
|
||||||
// remove path
|
|
||||||
sep = str.Last('/');
|
|
||||||
path = str(0,sep);
|
|
||||||
name = str(sep+1,str.Length()-sep-1);
|
|
||||||
// remove comma etc.
|
|
||||||
sep = name.Last(',');
|
|
||||||
name = name(0,sep);
|
|
||||||
// remove extension etc.
|
|
||||||
sep = name.Last('.');
|
|
||||||
name = name(0,sep);
|
|
||||||
// remove ????_ etc.
|
|
||||||
sep = name.Last('_');
|
|
||||||
path = name(sep+1);
|
|
||||||
name = name(sep+2,name.Length()-sep-1);
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||||||
legtit = "";
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||||||
legtit += path;
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||||||
legtit += "=";
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||||||
legtit += name;
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||||||
legtit += " (eV)";
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||||||
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||||||
cout << endl << legtit << endl ;
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||||||
rge[i]->SetTitle(str.Data());
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||||||
rge[i]->SetFillColor(TColor::kWhite);
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||||||
legend->AddEntry(rge[i], legtit);
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||||||
delete fileGraph;
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}
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||||||
cout << endl;
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mg->Draw("APC");
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mg->GetXaxis()->SetTitle("Depth [nm]");
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mg->GetYaxis()->SetTitle("Normalized Stopping Profile [%/nm]");
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||||||
legend->Draw();
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||||||
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||||||
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||||||
delete tokens;
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||||||
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||||||
// I am not sure what this does, but it waits until canvas is closed
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||||||
c1->WaitPrimitive(" ");
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||||||
cout << endl << "Canvas Closed" << endl ;
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||||||
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// Then quit root cleanly
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|
||||||
gApplication->Terminate();
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||||||
|
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||||||
}
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||||||
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||||||
1
trimsp/src/TrimSPGUI4/plotRge.C
Symbolic link
1
trimsp/src/TrimSPGUI4/plotRge.C
Symbolic link
@@ -0,0 +1 @@
|
|||||||
|
../TrimSPGUI/plotRge.C
|
||||||
@@ -1,88 +0,0 @@
|
|||||||
// File: readAscii.C
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// Author: Thomas Prokscha
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// Date: 24/04/2005
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// Purpose: ROOT macro to read ASCII data from file FileName
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// Assume sections
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// Comment:
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// and
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// Data:
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// label1 label2 ...
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// value1 value2 ...
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//
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// gROOT->Reset();
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void readAscii(char *FileName, Int_t Col1, Int_t Col2)
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{
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TObjString *ostr;
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TString str,xlab,ylab;
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TString line, label, treeLabel;
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TString rootFileName;
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TObjArray *token;
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||||||
TObjString *strtoken;
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||||||
Int_t nPars = 0;
|
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||||||
Int_t ntokens = 0;
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||||||
Int_t i = 0;
|
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||||||
Int_t nline=0;
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||||||
Ssiz_t pos;
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||||||
Double_t x[100],y[100];
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||||||
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FILE *fp = fopen(FileName,"r");
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if ( fp == NULL ){
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printf("File %s does not exist!\n", FileName);
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return;
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}
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while (line.Gets(fp)){
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if ( nline==0 ){
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||||||
// First line, get data labels
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||||||
nline++;
|
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||||||
token = line.Tokenize(" ");
|
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||||||
ntokens = token->GetEntries();
|
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||||||
nPars=ntokens;
|
|
||||||
ostr = dynamic_cast<TObjString*>(token->At(Col1));
|
|
||||||
xlab = ostr->GetString();
|
|
||||||
ostr = dynamic_cast<TObjString*>(token->At(Col2));
|
|
||||||
ylab = ostr->GetString();
|
|
||||||
|
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||||||
} else {
|
|
||||||
token = line.Tokenize(" ");
|
|
||||||
ntokens = token->GetEntries();
|
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||||||
// if ( ntokens != nPars) {
|
|
||||||
// // We have a problems
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||||||
// printf("The number of columns found is: %d not equal to %d\n",ntokens,nPars);
|
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||||||
// }
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||||||
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||||||
strtoken = (TObjString*) token->At(Col1);
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||||||
label = strtoken->GetName();
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||||||
x[i] = label.Atof();
|
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||||||
strtoken = (TObjString*) token->At(Col2);
|
|
||||||
label = strtoken->GetName();
|
|
||||||
y[i] = label.Atof();
|
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||||||
printf("(x,y)[%d]= (%f,%f)\n",i,x[i],y[i]);
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||||||
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||||||
nline++;
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||||||
i++;
|
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||||||
}
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||||||
}
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||||||
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||||||
TGraph *gr = new TGraph(i-1,x,y);
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||||||
TCanvas *c = new TCanvas("c",str);
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||||||
gr->GetXaxis()->SetTitle(xlab);
|
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||||||
gr->GetYaxis()->SetTitle(ylab);
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||||||
gr->Draw("AC*");
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c->Show();
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||||||
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||||||
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||||||
delete token;
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||||||
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||||||
// I am not sure what this does, but it waits until canvas is closed
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|
||||||
c->WaitPrimitive(" ");
|
|
||||||
cout << endl << "Canvas Closed" << endl ;
|
|
||||||
|
|
||||||
// Then quit root cleanly
|
|
||||||
gApplication->Terminate();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
1
trimsp/src/TrimSPGUI4/readAscii.C
Symbolic link
1
trimsp/src/TrimSPGUI4/readAscii.C
Symbolic link
@@ -0,0 +1 @@
|
|||||||
|
../TrimSPGUI/readAscii.C
|
||||||
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