RM: non-per-package-env merlin env
This commit is contained in:
651
env/merlin/spack.yaml
vendored
651
env/merlin/spack.yaml
vendored
@ -1,651 +0,0 @@
|
|||||||
spack:
|
|
||||||
concretizer:
|
|
||||||
unify: when_possible
|
|
||||||
definitions:
|
|
||||||
- Compilers: &Compilers
|
|
||||||
- '%clang@12.0.0'
|
|
||||||
- '%dpcpp@2022.1.0'
|
|
||||||
- '%gcc@8.3.0'
|
|
||||||
- '%gcc@12.1.0'
|
|
||||||
- '%intel@2021.6.0'
|
|
||||||
- '%nvhpc@21.5'
|
|
||||||
- '%oneapi@2022.1.0'
|
|
||||||
- Batchsystem_pckgs: &Batchsystem_pckgs
|
|
||||||
- slurm
|
|
||||||
- Compiler_pckgs: &Compiler_pckgs
|
|
||||||
- atlas
|
|
||||||
- clapack
|
|
||||||
- boost
|
|
||||||
- clhep
|
|
||||||
- eigen
|
|
||||||
- geant4
|
|
||||||
- googletest
|
|
||||||
- gsl
|
|
||||||
- intel-oneapi-mpi
|
|
||||||
- kokkos
|
|
||||||
- libint
|
|
||||||
- libxc
|
|
||||||
- libxsmm
|
|
||||||
- mpich
|
|
||||||
- openblas
|
|
||||||
- openmpi
|
|
||||||
- root
|
|
||||||
- superlu
|
|
||||||
- vtk
|
|
||||||
- Cuda_pckgs: &Cuda_pckgs
|
|
||||||
- cuda
|
|
||||||
- EM_pckgs: &EM_pckgs
|
|
||||||
- cistem
|
|
||||||
- ctffind
|
|
||||||
- motioncor2
|
|
||||||
- relion
|
|
||||||
- unblur
|
|
||||||
- Librairies_pckgs: &Librairies_pckgs
|
|
||||||
- alsa-lib
|
|
||||||
- gdrcopy
|
|
||||||
- giflib
|
|
||||||
- gmp
|
|
||||||
- hwloc
|
|
||||||
- isl
|
|
||||||
- knem
|
|
||||||
- libtasn1
|
|
||||||
- mpc
|
|
||||||
- mpfr
|
|
||||||
- nettle
|
|
||||||
- pmix
|
|
||||||
- ucx
|
|
||||||
- udunits
|
|
||||||
- wxwidgets
|
|
||||||
- x264
|
|
||||||
- zlib
|
|
||||||
- MX_pckgs: &MX_pckgs
|
|
||||||
- cbflib
|
|
||||||
- lz4
|
|
||||||
- openbabel
|
|
||||||
- visit
|
|
||||||
- HDF5_pckgs: &HDF5_pckgs
|
|
||||||
- alps
|
|
||||||
- h5hut+mpi
|
|
||||||
- hdf5-blosc
|
|
||||||
- ioapi
|
|
||||||
- hdf5+mpi
|
|
||||||
- netcdf-c
|
|
||||||
- netcdf-fortran
|
|
||||||
- netcdf-c
|
|
||||||
- trilinos
|
|
||||||
- HDF5_serial_pckgs: &HDF5_serial_pckgs
|
|
||||||
- hdf5~mpi
|
|
||||||
- h5hut~mpi
|
|
||||||
- ncview
|
|
||||||
- MPI_pckgs: &MPI_pckgs
|
|
||||||
- amrex
|
|
||||||
- boxlib
|
|
||||||
- cp2k
|
|
||||||
- cpmd
|
|
||||||
- elegant
|
|
||||||
- elpa
|
|
||||||
- fftw
|
|
||||||
- gromacs
|
|
||||||
- lammps
|
|
||||||
- astra
|
|
||||||
- Programming_pckgs: &Programming_pckgs
|
|
||||||
- autoconf
|
|
||||||
- automake
|
|
||||||
- binutils
|
|
||||||
- bison
|
|
||||||
- cmake
|
|
||||||
- erlang
|
|
||||||
- gcc
|
|
||||||
- go
|
|
||||||
- intel
|
|
||||||
- openjdk
|
|
||||||
- julia
|
|
||||||
- libtool
|
|
||||||
- lua
|
|
||||||
- m4
|
|
||||||
- nasm
|
|
||||||
- perl
|
|
||||||
- nvhpc+mpi
|
|
||||||
- python
|
|
||||||
- py-tensorflow
|
|
||||||
- qt
|
|
||||||
- r
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
- tk
|
|
||||||
- System_pckgs: &System_pckgs
|
|
||||||
- bash
|
|
||||||
- filebench
|
|
||||||
- ior
|
|
||||||
- mdtest
|
|
||||||
- nmap
|
|
||||||
- patchelf
|
|
||||||
- unison
|
|
||||||
- Tools_pckgs: &Tools_pckgs
|
|
||||||
- aria2
|
|
||||||
- asciidoc
|
|
||||||
- coreutils
|
|
||||||
- emacs
|
|
||||||
- ffmpeg
|
|
||||||
- gaussian
|
|
||||||
- gettext
|
|
||||||
- git
|
|
||||||
- global
|
|
||||||
- gnupg
|
|
||||||
- gnuplot
|
|
||||||
- gnutls
|
|
||||||
- hdfview
|
|
||||||
- krb5
|
|
||||||
- kubernetes
|
|
||||||
- namd
|
|
||||||
- ncview
|
|
||||||
- openjpeg
|
|
||||||
- openssl
|
|
||||||
- orca
|
|
||||||
- paraview
|
|
||||||
- texlive
|
|
||||||
- tmux
|
|
||||||
- uncrustify
|
|
||||||
- vim
|
|
||||||
- visit
|
|
||||||
- xmlto
|
|
||||||
- xz
|
|
||||||
include:
|
|
||||||
- sysconfigs/config.yaml
|
|
||||||
- sysconfigs/compilers.yaml
|
|
||||||
- sysconfigs/packages.yaml
|
|
||||||
#>>> modules.yaml
|
|
||||||
modules:
|
|
||||||
Batchsystem:
|
|
||||||
use_view: Batchsystem
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: &Batchsystem_module_root /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/Batchsystem
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *Batchsystem_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup Batchsystem
|
|
||||||
MODULEPATH: *Batchsystem_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
slurm:
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
SLURM_CONF: '/etc/slurm/slurm.conf'
|
|
||||||
projections: &unified_modules_projections
|
|
||||||
all: modulefiles/{compiler.name}/{compiler.version}/{name}/{version}
|
|
||||||
^mpi: 'modulefiles/{compiler.name}/{compiler.version}/{name}/{version}/{^mpi.name}/{^mpi.version}'
|
|
||||||
~mpi: 'modulefiles/{compiler.name}/{compiler.version}/{name}_serial/{version}'
|
|
||||||
threads=openmp: 'modulefiles/{compiler.name}/{compiler.version}/{name}_OMP/{version}'
|
|
||||||
MPI:
|
|
||||||
use_view: MPI
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: &MPI_module_root /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/MPI
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *MPI_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup MPI
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
MODULEPATH: *MPI_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
${PACKAGE}_VERSION: '{version}'
|
|
||||||
projections: *unified_modules_projections
|
|
||||||
Compiler:
|
|
||||||
use_view: Compiler
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/Compiler
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *Compiler_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
${PACKAGE}_VERSION: '{version}'
|
|
||||||
intel-oneapi-mpi:
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup MPI
|
|
||||||
MODULEPATH: *MPI_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
I_MPI_CXX: 'mpiicpc'
|
|
||||||
I_MPI_F77: 'mpiifort'
|
|
||||||
I_MPI_F90: 'mpiifort'
|
|
||||||
I_MPI_FC: 'mpiifort'
|
|
||||||
I_MPI_ICC: 'mpiicc'
|
|
||||||
MPIEXEC: 'mpiexec.hydra'
|
|
||||||
MPIFC: 'mpiifort'
|
|
||||||
MPIFORTRAN: 'mpiifort'
|
|
||||||
MPIRUN: 'mpirun'
|
|
||||||
mpich:
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup MPI
|
|
||||||
MODULEPATH: *MPI_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
MPIEXEC: ${prefix}/bin/mpiexec
|
|
||||||
MPIFC: ${prefix}/bin/mpif90
|
|
||||||
MPIFORTRAN: ${prefix}/bin/mpif90
|
|
||||||
MPIRUN: ${prefix}/bin/mpirun
|
|
||||||
openblas:
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
BLASLIB: ${prefix}/libopenblas.a
|
|
||||||
openmpi:
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup MPI
|
|
||||||
MODULEPATH: *MPI_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
MPIEXEC: ${prefix}/bin/mpiexec
|
|
||||||
MPIFC: ${prefix}/bin/mpif90
|
|
||||||
MPIFORTRAN: ${prefix}/bin/mpif90
|
|
||||||
MPIRUN: ${prefix}/bin/mpirun
|
|
||||||
root:
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
ROOTSYS: ${prefix}
|
|
||||||
projections: *unified_modules_projections
|
|
||||||
Cuda:
|
|
||||||
use_view: Cuda
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: &Cuda_module_root /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/cuda
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *Cuda_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup cuda
|
|
||||||
MODULEPATH: *Cuda_module_root
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
${PACKAGE}_PATH: '{prefix}'
|
|
||||||
LIBRARY_PATH: '{prefix}/lib64/stubs'
|
|
||||||
LIBRARY_PATH: '{prefix}/targets/x86_64-linux/lib/stubs'
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_DIR: '{prefix}'
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
${PACKAGE}_PATH: '{prefix}'
|
|
||||||
${PACKAGE}_VERSION: '{version}'
|
|
||||||
projections: *unified_modules_projections
|
|
||||||
EM:
|
|
||||||
use_view: EM
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: &EM_module_root /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/EM
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *EM_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup EM
|
|
||||||
MODULEPATH: *EM_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
${PACKAGE}_VERSION: '{version}'
|
|
||||||
projections: *unified_modules_projections
|
|
||||||
HDF5:
|
|
||||||
use_view: HDF5
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: &HDF5_module_root /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/HDF5
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *HDF5_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
- 'HDF5_serial'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup HDF5
|
|
||||||
MODULEPATH: *HDF5_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_ROOT: '{prefix}'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
projections: *unified_modules_projections
|
|
||||||
HDF5_serial:
|
|
||||||
use_view: HDF5_serial
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: &HDF5_serial_module_root /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/HDF5_serial
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *HDF5_serial_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
- 'HDF5_serial'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup HDF5_serial
|
|
||||||
MODULEPATH: *HDF5_serial_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_DIR: '{prefix}'
|
|
||||||
${PACKAGE}_HOME: '{prefix}'
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib64'
|
|
||||||
${PACKAGE}_PREFIX: '{prefix}'
|
|
||||||
${PACKAGE}_ROOT: '{prefix}'
|
|
||||||
${PACKAGE}_VERSION: '{version}'
|
|
||||||
projections: *unified_modules_projections
|
|
||||||
Librairies:
|
|
||||||
use_view: Librairies
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: &Librairies_module_root /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/Librairies
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *Librairies_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup Librairies
|
|
||||||
MODULEPATH: *Librairies_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
${PACKAGE}_VERSION: '{version}'
|
|
||||||
projections: *unified_modules_projections
|
|
||||||
MX:
|
|
||||||
use_view: MX
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: &MX_module_root /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/MX
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *MX_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup MX
|
|
||||||
MODULEPATH: *MX_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
${PACKAGE}_VERSION: '{version}'
|
|
||||||
projections: *unified_modules_projections
|
|
||||||
Programming:
|
|
||||||
use_view: Programming
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: &Programming_module_root /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/Programming
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *Programming_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup Programming
|
|
||||||
MODULEPATH: *Programming_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
${PACKAGE}_VERSION: '{version}'
|
|
||||||
nvhpc:
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
ARCH_VERSION: $NVARCH/'$env(PGI_VERSION)'
|
|
||||||
CPP: '{prefix}/$ARCH_VERSION/compilers/bin/nvprepro'
|
|
||||||
F90: '{prefix}/$ARCH_VERSION/compilers/bin/pgf90'
|
|
||||||
F95: '{prefix}/$ARCH_VERSION/compilers/bin/pgf95'
|
|
||||||
FORTRAN: '{prefix}/$ARCH_VERSION/compilers/bin/pgfortran'
|
|
||||||
NVARCH: '{arch}'
|
|
||||||
NVCOMPILERS: '{prefix}'
|
|
||||||
PGI: '{prefix}'
|
|
||||||
projections: *unified_modules_projections
|
|
||||||
System:
|
|
||||||
use_view: System
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: &System_module_root /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/System
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *System_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup System
|
|
||||||
MODULEPATH: *System_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
${PACKAGE}_VERSION: '{version}'
|
|
||||||
projections: *unified_modules_projections
|
|
||||||
Tools:
|
|
||||||
use_view: Tools
|
|
||||||
arch_folder: false
|
|
||||||
enable:
|
|
||||||
- tcl
|
|
||||||
roots:
|
|
||||||
tcl: &Tools_module_root /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/Tools
|
|
||||||
tcl:
|
|
||||||
blacklist_implicits: true
|
|
||||||
include: *Tools_pckgs
|
|
||||||
exclude: *Compilers
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
autoload: direct
|
|
||||||
conflict:
|
|
||||||
- '{name}'
|
|
||||||
environment:
|
|
||||||
# equivalent to module-addgroup Tools
|
|
||||||
prepend_path:
|
|
||||||
MODULEPATH: *Tools_module_root
|
|
||||||
set:
|
|
||||||
${PACKAGE}_INCLUDE_DIR: '{prefix}/include'
|
|
||||||
${PACKAGE}_LIBRARY_DIR: '{prefix}/lib'
|
|
||||||
${PACKAGE}_VERSION: '{version}'
|
|
||||||
projections: *unified_modules_projections
|
|
||||||
prefix_inspections:
|
|
||||||
'':
|
|
||||||
- CMAKE_PREFIX_PATH
|
|
||||||
bin:
|
|
||||||
- PATH
|
|
||||||
include:
|
|
||||||
- C_INCLUDE_PATH
|
|
||||||
- CPLUS_INCLUDE_PATH
|
|
||||||
lib:
|
|
||||||
- LIBRARY_PATH
|
|
||||||
- LD_LIBRARY_PATH
|
|
||||||
lib/pkgconfig:
|
|
||||||
- PKG_CONFIG_PATH
|
|
||||||
lib64:
|
|
||||||
- LIBRARY_PATH
|
|
||||||
- LD_LIBRARY_PATH
|
|
||||||
lib64/pkgconfig:
|
|
||||||
- PKG_CONFIG_PATH
|
|
||||||
man:
|
|
||||||
- MANPATH
|
|
||||||
share/aclocal:
|
|
||||||
- ACLOCAL_PATH
|
|
||||||
share/man:
|
|
||||||
- MANPATH
|
|
||||||
share/pkgconfig:
|
|
||||||
- PKG_CONFIG_PATH
|
|
||||||
#<<<
|
|
||||||
definitions:
|
|
||||||
- mpi:
|
|
||||||
- ^openmpi@4.1.4%gcc@8.3.0+cuda fabrics=ucx,xpmem,knem,ofi,cma,hcoll schedulers=slurm
|
|
||||||
+pmi ^ucx@1.13.0 ^cuda@11.5.1 ^slurm@21-08-8-2 ^hwloc@2.7.1 ^knem@1.1.4 ^xpmem@2.6.5-36
|
|
||||||
^pmix@4.1.2
|
|
||||||
- python:
|
|
||||||
- ^py-numpy@1.19.5%gcc@8.3.0 ^python@3.6.13%gcc@8.3.0
|
|
||||||
- blas:
|
|
||||||
- ^openblas%gcc@8.3.0
|
|
||||||
specs:
|
|
||||||
- matrix:
|
|
||||||
- [alps, geant4]
|
|
||||||
- ['%gcc@8.3.0']
|
|
||||||
- [$mpi]
|
|
||||||
- [$blas]
|
|
||||||
- [^boost@1.63.0+python+numpy cxxstd=11 +icu ^icu4c cxxstd=11]
|
|
||||||
- [$python]
|
|
||||||
- matrix:
|
|
||||||
- [gromacs, h5hut+mpi, lammps, visit]
|
|
||||||
- ['%gcc@12.1.0']
|
|
||||||
- [$mpi]
|
|
||||||
- [$blas]
|
|
||||||
- [$python]
|
|
||||||
- matrix:
|
|
||||||
- [cp2k@9.1]
|
|
||||||
- ['%oneapi']
|
|
||||||
# - matrix:
|
|
||||||
# - [relion +cuda]
|
|
||||||
# - ['%nvhpc']
|
|
||||||
# - [^openmpi]
|
|
||||||
# - [^openblas]
|
|
||||||
view:
|
|
||||||
Batchsystem:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: &unified_projections
|
|
||||||
^mpi: '{name}/{version}/{^mpi.name}/{^mpi.version}/{compiler.name}/{compiler.version}'
|
|
||||||
all: '{name}/{version}/{compiler.name}/{compiler.version}'
|
|
||||||
~mpi: '{name}_serial/{version}/{compiler.name}/{compiler.version}'
|
|
||||||
threads=openmp: '{name}_OMP/{version}/{compiler.name}/{compiler.version}'
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/Batchsystem
|
|
||||||
select: *Batchsystem_pckgs
|
|
||||||
Compiler:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: *unified_projections
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/Compiler
|
|
||||||
select: *Compiler_pckgs
|
|
||||||
Cuda:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: *unified_projections
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/cuda
|
|
||||||
select: *Cuda_pckgs
|
|
||||||
EM:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: *unified_projections
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/EM
|
|
||||||
select: *EM_pckgs
|
|
||||||
HDF5:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: *unified_projections
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/HDF5
|
|
||||||
select: *HDF5_pckgs
|
|
||||||
HDF5_serial:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: *unified_projections
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/HDF5_serial
|
|
||||||
select: *HDF5_serial_pckgs
|
|
||||||
Librairies:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: *unified_projections
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/Librairies
|
|
||||||
select: *Librairies_pckgs
|
|
||||||
MPI:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: *unified_projections
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/MPI
|
|
||||||
select: *MPI_pckgs
|
|
||||||
MX:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: *unified_projections
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/MX
|
|
||||||
select: *MX_pckgs
|
|
||||||
Programming:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: *unified_projections
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/Programming
|
|
||||||
select: *Programming_pckgs
|
|
||||||
System:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: *unified_projections
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/System
|
|
||||||
select: *System_pckgs
|
|
||||||
Tools:
|
|
||||||
link: all
|
|
||||||
link_type: symlink
|
|
||||||
projections: *unified_projections
|
|
||||||
root: /afs/psi.ch/sys/spack-rhel7/Tools
|
|
||||||
select: *Tools_pckgs
|
|
93
env/merlin/sysconfigs/compilers.yaml
vendored
93
env/merlin/sysconfigs/compilers.yaml
vendored
@ -1,93 +0,0 @@
|
|||||||
---
|
|
||||||
compilers:
|
|
||||||
- compiler:
|
|
||||||
environment: {}
|
|
||||||
extra_rpaths: []
|
|
||||||
flags: {}
|
|
||||||
modules: []
|
|
||||||
operating_system: rhel7
|
|
||||||
paths:
|
|
||||||
cc: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/icx
|
|
||||||
cxx: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/dpcpp
|
|
||||||
f77: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/ifx
|
|
||||||
fc: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/ifx
|
|
||||||
spec: dpcpp@2022.1.0
|
|
||||||
target: x86_64
|
|
||||||
- compiler:
|
|
||||||
environment: {}
|
|
||||||
extra_rpaths: []
|
|
||||||
flags: {}
|
|
||||||
modules: []
|
|
||||||
operating_system: rhel7
|
|
||||||
paths:
|
|
||||||
cc: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/intel64/icc
|
|
||||||
cxx: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/intel64/icpc
|
|
||||||
f77: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/intel64/ifort
|
|
||||||
fc: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/intel64/ifort
|
|
||||||
spec: intel@2021.6.0
|
|
||||||
target: x86_64
|
|
||||||
- compiler:
|
|
||||||
environment: {}
|
|
||||||
extra_rpaths: []
|
|
||||||
flags: {}
|
|
||||||
modules: []
|
|
||||||
operating_system: rhel7
|
|
||||||
paths:
|
|
||||||
cc: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/icx
|
|
||||||
cxx: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/icpx
|
|
||||||
f77: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/ifx
|
|
||||||
fc: /opt/psi/Programming/intel/22.2/compiler/2022.1.0/linux/bin/ifx
|
|
||||||
spec: oneapi@2022.1.0
|
|
||||||
target: x86_64
|
|
||||||
- compiler:
|
|
||||||
environment: {}
|
|
||||||
extra_rpaths: []
|
|
||||||
flags: {}
|
|
||||||
modules: []
|
|
||||||
operating_system: rhel7
|
|
||||||
paths:
|
|
||||||
cc: /opt/psi/Programming/gcc/8.3.0/bin/gcc
|
|
||||||
cxx: /opt/psi/Programming/gcc/8.3.0/bin/g++
|
|
||||||
f77: /opt/psi/Programming/gcc/8.3.0/bin/gfortran
|
|
||||||
fc: /opt/psi/Programming/gcc/8.3.0/bin/gfortran
|
|
||||||
spec: gcc@8.3.0
|
|
||||||
target: x86_64
|
|
||||||
- compiler:
|
|
||||||
environment: {}
|
|
||||||
extra_rpaths: []
|
|
||||||
flags: {}
|
|
||||||
modules: []
|
|
||||||
operating_system: rhel7
|
|
||||||
paths:
|
|
||||||
cc: /opt/psi/Programming/gcc/12.1.0/bin/gcc
|
|
||||||
cxx: /opt/psi/Programming/gcc/12.1.0/bin/g++
|
|
||||||
f77: /opt/psi/Programming/gcc/12.1.0/bin/gfortran
|
|
||||||
fc: /opt/psi/Programming/gcc/12.1.0/bin/gfortran
|
|
||||||
spec: gcc@12.1.0
|
|
||||||
target: x86_64
|
|
||||||
- compiler:
|
|
||||||
environment: {}
|
|
||||||
extra_rpaths: []
|
|
||||||
flags: {}
|
|
||||||
modules: []
|
|
||||||
operating_system: rhel7
|
|
||||||
paths:
|
|
||||||
cc: /opt/psi/Programming/clang/12.0.0_rhel7/bin/clang
|
|
||||||
cxx: /opt/psi/Programming/clang/12.0.0_rhel7/bin/clang++
|
|
||||||
f77: null
|
|
||||||
fc: null
|
|
||||||
spec: clang@12.0.0
|
|
||||||
target: x86_64
|
|
||||||
- compiler:
|
|
||||||
environment: {}
|
|
||||||
extra_rpaths: []
|
|
||||||
flags: {}
|
|
||||||
modules: []
|
|
||||||
operating_system: rhel7
|
|
||||||
paths:
|
|
||||||
cc: /opt/psi/Programming/pgi/21.5/Linux_x86_64/21.5/compilers/bin/nvc
|
|
||||||
cxx: /opt/psi/Programming/pgi/21.5/Linux_x86_64/21.5/compilers/bin/nvc++
|
|
||||||
f77: /opt/psi/Programming/pgi/21.5/Linux_x86_64/21.5/compilers/bin/nvfortran
|
|
||||||
fc: /opt/psi/Programming/pgi/21.5/Linux_x86_64/21.5/compilers/bin/nvfortran
|
|
||||||
spec: nvhpc@21.5
|
|
||||||
target: x86_64
|
|
5
env/merlin/sysconfigs/config.yaml
vendored
5
env/merlin/sysconfigs/config.yaml
vendored
@ -1,5 +0,0 @@
|
|||||||
config:
|
|
||||||
build_stage:
|
|
||||||
- /scratch/spack-rhel7
|
|
||||||
install_tree:
|
|
||||||
root: /scratch/spack-rhel7/spack-install
|
|
287
env/merlin/sysconfigs/packages.yaml
vendored
287
env/merlin/sysconfigs/packages.yaml
vendored
@ -1,287 +0,0 @@
|
|||||||
---
|
|
||||||
packages:
|
|
||||||
all:
|
|
||||||
compiler:
|
|
||||||
- gcc@12.1.0
|
|
||||||
permissions:
|
|
||||||
read: user
|
|
||||||
write: user
|
|
||||||
target:
|
|
||||||
- haswell
|
|
||||||
providers:
|
|
||||||
pkgconfig: [pkg-config]
|
|
||||||
binutils:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: binutils@2.38
|
|
||||||
bzip2:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: bzip2@1.0.6
|
|
||||||
cpio:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: cpio@2.11
|
|
||||||
curl:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: curl@7.29.0
|
|
||||||
cvs:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: cvs@1.11.23
|
|
||||||
diffutils:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: diffutils@3.3
|
|
||||||
doxygen:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: doxygen@1.8.5
|
|
||||||
expat:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: expat@1.6.0
|
|
||||||
file:
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: file@5.11
|
|
||||||
findutils:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: findutils@4.5.11
|
|
||||||
flex:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: flex@2.5.37+lex
|
|
||||||
# E.G: only available from already downloaded source, so I put it here
|
|
||||||
gams:
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /opt/psi/Tools/GAMS/31.1.1/gams31.1_linux_x64_64_sfx
|
|
||||||
spec: gams@31.1.1
|
|
||||||
gawk:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: gawk@4.0.2
|
|
||||||
ghostscript:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: ghostscript@9.25
|
|
||||||
git:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: git@1.8.3.1~tcltk
|
|
||||||
glew:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: glew@1.10.0
|
|
||||||
gmake:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: gmake@3.82
|
|
||||||
groff:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: groff@1.22.2
|
|
||||||
hcoll:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /opt/mellanox/hcoll
|
|
||||||
spec: hcoll@3.9.1927
|
|
||||||
fftw:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: fftw@3.3.3
|
|
||||||
intel-oneapi-mkl:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /opt/psi/Programming/intel/22.2
|
|
||||||
spec: intel-oneapi-mkl@2022.1.0
|
|
||||||
intel-oneapi-mpi:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /opt/psi/Programming/intel/22.2
|
|
||||||
spec: intel-oneapi-mpi@2021.6.0
|
|
||||||
libcroco:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libcroco@0.6.13
|
|
||||||
libevent:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libevent@2.0
|
|
||||||
libfabric:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libfabric@1.10.2
|
|
||||||
libfuse:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libfuse@3.6.1
|
|
||||||
libice:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libice@6.3.0
|
|
||||||
libjpeg-turbo:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libjpeg-turbo@62.1.0
|
|
||||||
libpthread:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libpthread@2.17
|
|
||||||
libpthread-stubs:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libpthread-stubs@0.4
|
|
||||||
libreadline:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libreadline@6.2
|
|
||||||
libtiff:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libtiff@5.2.0
|
|
||||||
libx11:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libx11@6.3.0
|
|
||||||
libxext:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libxext@6.4.0
|
|
||||||
libxft:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libxft@2.3.2
|
|
||||||
libxpm:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libxpm@4.11.0
|
|
||||||
libxt:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: libxt@6.0.0
|
|
||||||
m4:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: m4@1.4.16
|
|
||||||
# E.G: only available from already downloaded source, so I put it here
|
|
||||||
mxm:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /opt/psi/System/mxm/3.6.3104
|
|
||||||
spec: mxm@3.6.3104
|
|
||||||
ncurses:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: ncurses@5.9.20130511
|
|
||||||
nlohmann-json:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: nlohmann-json@3.10.5
|
|
||||||
numactl:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: numactl@2.0.14
|
|
||||||
openssh:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: openssh@7.4p1
|
|
||||||
openssl:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: openssl@1.0.2k-fips
|
|
||||||
pcre:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: pcre@8.32
|
|
||||||
pkg-config:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: pkg-config@0.27.1
|
|
||||||
rsync:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: rsync@3.1.2
|
|
||||||
ruby:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: ruby@2.0.0p648
|
|
||||||
sed:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: sed@4.2.2
|
|
||||||
sqlite:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: sqlite@3.7.17
|
|
||||||
subversion:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: subversion@1.7.14
|
|
||||||
tar:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: tar@1.26
|
|
||||||
texinfo:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: texinfo@5.1
|
|
||||||
xerces-c:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: xerces-c@3.1
|
|
||||||
xz:
|
|
||||||
buildable: false
|
|
||||||
externals:
|
|
||||||
- prefix: /usr
|
|
||||||
spec: xz@5.2.2
|
|
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